Оценка сопряженности морфогенетических и молекулярно-генетических модулей изменчивости серых полевок Microtus S.L. в градиентных условиях среды
- Авторы: Ковалева В.Ю.1, Поздняков А.А.1, Литвинов Ю.Н.1, Ефимов В.М.1,2,3
-
Учреждения:
- ФГБУ «Институт систематики и экологии животных» Сибирского отделения Российской академии наук
- ФГБОУ ВПО «Новосибирский национальный исследовательский государственный университет»
- ФГАОУ ВО «Национальный исследовательский Томский государственный университет»
- Выпуск: Том 17, № 2 (2019)
- Страницы: 21-34
- Раздел: Генетические основы эволюции экосистем
- URL: https://journals.rcsi.science/ecolgenet/article/view/9290
- DOI: https://doi.org/10.17816/ecogen17221-34
- ID: 9290
Цитировать
Аннотация
Цель — разработать модульный подход к количественной оценке сопряженности разных форм изменчивости на примере десяти видов полевок группы родов Microtus в градиентных условиях среды.
Материал и методы. Просмотрено 5306 пар рисунков жевательной поверхности m1 справа и слева. Выявлены 31 морфотип, 187 их сочетаний: 30 — симметричных и 157 — асимметричных. Использовано 576 последовательностей гена Cytb мтДНК из базы данных GenBank. Климатические данные взяты с сайта Climate:Date.org. Данные обработаны с помощью DJ-метода. Морфогенетическая матрица евклидовых расстояний между видами получена по частотам совместной встречаемости морфотипов m1 с правой и левой сторон нижней челюсти, молекулярно-генетическая — по частотам синонимичных замен кодонов. Алгоритм реализован в пакете прикладных программ Jacobi 4.
Результаты. Обнаружена высокая сопряженность (r = 0,847) между первой главной компонентой молекулярно-генетической и второй главной компонентой морфогенетической матриц расстояний. С позиций блочно-модульной организации фенотипа главные компоненты данных матриц трактуются как модули изменчивости. Молекулярно-генетический модуль обусловлен изменением частот кодонов ACC и GCA вдоль геоклиматического градиента, морфогенетический — различными аспектами асимметрии морфотипов m1.
Выводы. Предлагаемый подход позволил выявить два сопряженно варьирующих модуля из разных признаковых систем у исследованных видов вдоль геоклиматического градиента.
Ключевые слова
Полный текст
Открыть статью на сайте журналаОб авторах
Вера Юрьевна Ковалева
ФГБУ «Институт систематики и экологии животных» Сибирского отделения Российской академии наук
Автор, ответственный за переписку.
Email: vkova@ngs.ru
ORCID iD: 0000-0003-1685-4820
д-р биол. наук, старший научный сотрудник, лаборатория экологии сообществ позвоночных животных
Россия, 630091, г. Новосибирск, ул. Фрунзе, 11Александр Александрович Поздняков
ФГБУ «Институт систематики и экологии животных» Сибирского отделения Российской академии наук
Email: al_ap@mail.ru
канд. биол. наук, старший научный сотрудник, лаборатория экологии сообществ позвоночных животных
Россия, 630091, г. Новосибирск, ул. Фрунзе, 11Юрий Нарциссович Литвинов
ФГБУ «Институт систематики и экологии животных» Сибирского отделения Российской академии наук
Email: Lyun13@yandex.ru
д-р биол. наук, зам. директора, лаборатория экологии сообществ позвоночных животных
Россия, 630091, г. Новосибирск, ул. Фрунзе, 11Вадим Михайлович Ефимов
ФГБУ «Институт систематики и экологии животных» Сибирского отделения Российской академии наук; ФГБОУ ВПО «Новосибирский национальный исследовательский государственный университет»; ФГАОУ ВО «Национальный исследовательский Томский государственный университет»
Email: vmefimov@ngs.ru
д-р биол. наук, профессор кафедры цитологии и генетики; профессор кафедры зоологии позвоночных и экологии
Россия, 630091, г. Новосибирск, ул. Фрунзе, 11; 630090, г. Новосибирск, ул. Пирогова, 1; 634050, г.Томск, пр-т Ленина, 34аСписок литературы
- Ратнер В.А. Внешние и внутренние факторы и ограничения молекулярной эволюции // Современные проблемы теории эволюции / Под ред. Л.П. Татаринова. – М.: Наука; 1993. – С. 60–80. [Ratner VA. Vneshnie i vnutrennie faktory i ogranicheniya molekulyarnoi evolyutsii. In: Sovremennye problemy teorii evolyutsii. Ed by L.P. Tatarinov. Moscow: Nauka; 1993. P. 60-80. (In Russ.)]
- Wagner GP, Altenberg L. Complex adaptations and the evolution of evolvability. Evolution. 1996;50(3):967-76. https://doi.org/10.2307/2410639.
- Pigliucci M. Phenotypic integration: studying the ecology and evolution of complex phenotypes. Ecol Lett. 2003;6(3):265-272. https://doi.org/10.1046/j.1461-0248.2003.00428.x.3.
- Инге-Вечтомов С.Г. Поиски периодической системы... в эволюции // Наука из первых рук. – 2004. – № 2. – С. 20–25. [Inge-Vechtomov SG. Poiski periodicheskoi sistemy… w ehwolucii. Nauka iz pervykh ruk. 2004;(2):20-25. (In Russ.)]
- Winther RG. Evolutionary developmental biology meets levels of selection: modular integration or competition, or both? In: Modularity: understanding the development and evolution of natural complex systems. Ed. by W. Callebaut, D. Rasskin-Gutman, H.A. Simon. The Vienna Ser. in Theoretical biology. Cambridge: MIT Press; 2005. P. 61-90.
- Klingenberg CP. Morphological integration and developmental modularity. Annu Rev Ecol Evol Syst. 2008;39:115-132. https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.37.091305.110054.
- Суслов В.В., Колчанов Н.А. Дарвиновская эволюция и регуляторные генетические системы // Информационный вестник ВОГиС. – 2009. – Т. 13. – № 2. – С. 410–439. [Suslov VV. Kolchanov NA. Darwinian evolution and regulatory gene structure. Informatsionnyi vestnik VOGiS. 2009;13(2):410-439. (In Russ.)]
- Esteve-Altava B. In search of morphological modules: a systematic review. Biol Rev Camb Philos Soc. 2017;92(3):1332-1347. https://doi.org/10.1111/brv.12284.
- Klingenberg CP. Integration, modules, and development: molecules to morphology to evolution. In: Phenotypic integration: studying the ecology and evolution of complex phenotypes. Ed by M. Pigliucci, K. Preston. New York: Oxford University Press; 2004. P. 213-230.
- Klingenberg CP. Studying morphological integration and modularity at multiple levels: Concepts and analysis. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 2014;369(1649):20130249. https://doi.org/10.1098/rstb.2013.0249.
- Goswami A, Polly PD. Methods for studying morphological integration, modularity and covariance evolution. In: Quantitative methods in paleobiology. Ed by J. Alroy, G.H. Ithaca. NY: Paleontological Society Papers Series; 2010;16:213-243. https://doi.org/10.1017/S1089332600001881.
- Goswami A, Smaers JB, Soligo C, Polly PD. The macroevolutionary consequences of phenotypic integration: from development to deep time. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 2014;369(1649):20130254. https://doi.org/10.1098/rstb.2013.0254.
- Cheverud JM. Phenotypic, genetic, and environmental morphological integration in the cranium. Evolution. 1982;36(3):499-516. https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1982.tb05070.x.
- Magwene PM. S27-1 Integration and modularity in biological system: a review. Acta Zoologica Sinica. 2006;52(Suppl.):490-493.
- Winther RG. Varieties of modules: kinds, levels, origins, and behaviors. J Exper Zool. 2001;291(2):116-129. https://doi.org/10.1002/jez.1064.
- Esteve-Altava B, Marugan-Lobon J, Botella H, et al. Grist for Riedl’s mill: a network model perspective on the integration and modularity of the human skull. J Exp Zool B Mol Dev Evol. 2013;320(8):489-500. https://doi.org/10.1002/jez.b.22524.
- Terentjev PV. Biometrische Untersuchungen über die morphologischen Merkmale von Rana ridibunda pall: (Amphibia, Salientia). Biometrika. 1931;23(1-2):23. https://doi.org/10.2307/2333629.
- Haber A. A comparative analysis of integration indices. Evol Biol. 2011;38(4):476-488. https://doi.org/10.1007/s11692-011-9137-4.
- Olson EC, Miller RL. Morphological integration. Chicago: University of Chicago Press; 1958. 376 p.
- Шмальгаузен И.И. Организм как целое. – М.; Л.: Изд-во АН СССР, 1942. – 211 с. [Shmalgauzen II. Organizm kak tseloe. Moscow; Leningrad: AN SSSR; 1942. 211 p. (In Russ.)]
- Schluter D. Adaptive radiation along genetic lines of least resistance. Evolution. 1996;50:1766-1774. https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1996.tb03563.x.
- Martinez-Abadias N, Esparza M, Sjovold T, et al. Pervasive genetic integration directs the evolution of human skull shape. Evolution. 2012;66:1010-1023. https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.2011.01496.x.
- Ковалева В.Ю., Абрамов С.А., Дупал Т.А., и др. Анализ соответствия и комбинирование молекулярно-генетических и морфологических данных в зоологической систематике // Известия РАН. Серия биол. – 2012. – № 4. – C. 404–414. [Kovaleva VYu, Abramov SA, Dupal TA, et al. Congruence analysis and combining of molecular genetics and morphological data in zoological systematics. Biology Bulletin. 2012;39(4):335-345. (In Russ.)]. https://doi.org/10.1134/S1062359012030053.
- Ковалева В.Ю., Литвинов Ю.Н., Ефимов В.М. Землеройки (Soricidae, Eulipotyphla) Сибири и Дальнего Востока: комбинирование и поиск конгруэнтности молекулярно-генетических и морфологических данных // Зоологический журнал. – 2013. – Т. 92. – № 11. – С. 1383–1398. [Kovaleva VYu, Litvinov YuN, Efimov VM. Shrews (Soricidae, Eulipotyphla) from the Far East and Siberia: combination and search for congruence of molecular-genetic and morphological data. Russian journal of zoology. 2013;92(11):1383-1398. (In Russ.)]. https://doi.org/10.7868/S0044513413110081.
- Raff RA, Sly BJ. Modularity and dissociation in the evolution of gene expression territories in development. Evol Dev. 2000;2(2):102-111. https://doi.org/10.1046/j.1525-142x.2000.00035.x.
- Schlosser G. Modularity and the units of evolution. Theory Biosci. 2002;121(1):1-80. https://doi.org/10.1078/1431-7613-00049.
- Wagner GP, Pavlicev M, Cheverud J. The road to modularity. Nat Rev Genet. 2007;8:921-931. https://doi.org/10.1038/nrg2267.
- Kuratani S. Modularity, comparative embryology and Evo-Devo: developmental dissection of evolving body plans. Dev Biol. 2009;332(1):61-69. https://doi.org/10.1016/j.ydbio.2009.05.564.
- Murren CJ. The integrated phenotype. Integr Comp Biol. 2012;52(1):64-76. https://doi.org/10.1093/icb/ics043.
- Rasskin-Gutman D, Esteve-Altava B. Connecting the dots: anatomical network analysis in morphological EvoDevo. Biol Theory. 2014;9:178-193. https://doi.org/10.1007/s13752-014-0175-x.
- Klingenberg CP. Evolution and development of shape: integrating quantitative approaches. Nat Rev Genet. 2010;11(9):623-635. https://doi.org/10.1038/nrg2829.
- Willmore KE, Klingenberg CP, Hallgrímsson B. The relationship between fluctuating asymmetry and environmental variance in rhesus macaque skulls. Evolution. 2005;59(4);898-909. https://doi.org/10.1111/j.0014-3820.2005.tb01763.x.
- Klingenberg CP, Zaklan SD. Morphological integration between developmental compartments in the Drosophila wing. Evolution. 2000;54(4);1273-1285. https://doi.org/10.1111/j.0014-3820.2000.tb00560.x.
- Debat V, Alibert P, David P, et al. Independence between developmental stability and canalization in the skull of the house mouse. Proc Biol Sci. 2000;267(1442):423-30. https://doi.org/10.1098/rspb.2000.1017.
- Klingenberg CP, Badyaev AV, Sowry SM, Beckwith NJ. Inferring developmental modularity from morphological integration: analysis of individual variation and asymmetry in bumblebee wings. Am Nat. 2001;157(1):11-23. https://doi.org/10.1086/317002.
- Ivanović A, Kalezić ML. Testing the hypothesis of morphological integration on a skull of a vertebrate with a biphasic life cycle: a case study of the alpine newt. J Exp Zool B Mol Dev Evol. 2010;314(7):527-538. https://doi.org/10.1002/jez.b.21358.
- Jojić V, Blagojević J, Vujošević M. B chromosomes and cranial variability in yellow-necked field mice (Apodemus flavicollis). J Mammalogy. 2011;92(2);396-406. https://doi.org/10.1644/10-mamm-a-158.1.
- Monteiro LR, Bonato V, dos Reis SF. Evolutionary integration and morphological diversification in complex morphological structures: mandible shape divergence in spiny rats (Rodentia, Echimyidae). Evol Dev. 2005;7(5):429-439. https://doi.org/10.1111/j.1525-142x.2005.05047.x
- Bastir M, Rosas A, Stringer C, et al. Effects of brain and facial size on basicranial form in human and primate evolution. J Hum Evol. 2010;58(5):424-431. https://doi.org/10.1016/j.jhevol.2010.03.001.
- Hautier L, Lebrun R, Cox PG. Patterns of covariation in the masticatory apparatus of hystricognathous rodents: implications for evolution and diversification. J Morphol. 2012;273(12):1319-1337. https://doi.org/10.1002/jmor.20061.
- Klingenberg CP, Marugán-Lobón J. Evolutionary covariation in geometric morphometric data: analyzing integration, modularity, and allometry in a phylogenetic context. Syst Biol. 2013;62(4):591-610. https://doi.org/10.1093/sysbio/syt025.
- Chamero B, Buscalioni ÁD, Marugán-Lobón J. Pectoral girdle and forelimb variation in extant Crocodylia: the coracoid-humerus pair as an evolutionary module. Biol J Linn Soc. 2013;108(3):600-618. https://doi.org/10.1111/j.1095-8312.2012.02037.x.
- Santana SE, Lofgren SE. Does nasal echolocation influence the modularity of the mammal skull? J Evol Biol. 2013;26(11):2520-2526. https://doi.org/10.1111/jeb.12235.
- Поздняков А.А. Структура морфологической изменчивости (на примере морфотипов жевательной поверхности первого нижнего коренного зуба серых полевок) // Журнал общей биологии. – 2011. – Т. 72. – № 2. – С. 127–139. [Pozdnyakov AA. The structure of morphological variability (with the masticatory surface morphotypes of the lower first molar in the voles as an example). Biology Bulletin Reviews. 2011;1(5):471-481. (In Russ.)]. https://doi.org/10.1134/S2079086411050070.
- Васильев А.Г. Фенетический анализ биоразнообразия на популяционном уровне: Автореф. дис. … д-ра биол. наук. – Екатеринбург, 1996. – 47 с. [Vasil`ev AG. Phenetic analysis of biodiversity at the population level. [dissertation] Yekaterinburg; 1996. 47 p. (In Russ.)]. Доступно по: https://search.rsl.ru/ru/record/01000128144. Ссылка активна на 14.01.2019.
- Ковалева В.Ю., Поздняков А.А., Ефимов В.М. Изучение структуры изменчивости морфотипов коренных зубов полевки-экономки (Microtus oeconomus) через билатеральную асимметрию их проявления // Зоологический журнал. – 2002. – Т. 81. – № 1. – С. 111–117. [Kovaleva VYu, Pozdnyakov AA, Efimov VM. Investigation of variability structure of root vole (Microtus oeconomus Pallas) molar morphotypes using bilateral asymmetry. Russian journal of zoology. 2002;81(1):111-117. (In Russ.)]
- Kovaleva VYu, Efimov VM, Litvinov YuN. Directional asymmetry of morphological traits during postnatal ontogeny in root vole Microtus oeconomus Pall. (Rodentia, Cricetidae). J SibFU. Biol. 2013;6(2):115-129. https://doi.org/10.17516/1997-1389-0111.
- Поздняков А.А. Морфологическое разнообразие: характеристика, структура, анализ // Сообщества и популяции животных: экологический и морфологический анализ / Под ред. В.Н. Большакова. Серия: Труды Института систематики и экологии животных СО РАН. – М.: Товарищество научных изданий КМК; 2010. – С. 133–157. [Pozdnyakov AA. Morfologicheskoe raznoobrazie: kharakteristika, struktura, analiz. In: Ser: Trudy Instituta sistematiki i ekologii zhivotnykh SO RAN. Soobshchestva i populyatsii zhivotnykh: ekologicheskii i morfologicheskii analiz. Ed by V.N. Bolshakov. Moscow: Tovarishchestvo nauchnykh izdanii KMK; 2010. P. 133-157. (In Russ.)]
- Nucleotide-NCBI. National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine [cited 2018 August 16]. Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/.
- Climate:Data.org. Климатические данные городов по всему миру. [Climate:Data.org. Klimaticheskie dannye gorodov po vsemu miru. (In Russ.)]. Доступно по: http://ru.climate-data.org/. Ссылка активна на 16.02.2019.
- Ефимов В.М., Мельчакова М.А., Ковалева В.Ю. Геометрические свойства эволюционных дистанций [электронный ресурс] // Вавиловский журнал генетики и селекции. – 2013. – Т. 17. – № 4/1. – С. 714–723. [Efimov VM, Melchakova MA, Kovaleva VYu. Geometric properties of evolutionary distances (Elektronnyi resurs). Vavilov Journal of Genetics and Breeding. 2013;17(4/1):714-723. (In Russ.)]. Доступно по: https://docplayer.ru/42679204-Geometricheskie-svoystva-evolyucionnyh-distanciy.html. Ссылка активна на 11.01.2019.
- Ангерманн Р. Гомологическая изменчивость коренных зубов у полевок (Microtinae) // Проблемы эволюции. Т. 3 / Под ред. Н.Н. Воронцова. – Новосибирск: Наука. Сиб. отд-ние, 1973. – С. 104–118. [Angermann R. The homologous variability of molars in voles (Microtinae). In: Problems of evolution. Ed by N.N. Vorontsov. V. 3. Novosibirsk: Nauka, Sib. otd-nie; 1973. P. 104-118. (In Russ.)]
- Абрамсон Н.И., Лисовский А.А. Подсемейство Arvicolinae // Млекопитающие России: систематико-географический справочник / Под ред. И.Я. Павлинова, А.А. Лисовского. –М.: Товарищество научных изданий КМК, 2012. – С. 220–276. [Abramson NI, Lisovskii AA. Subfamily Arvicolinae. In: The mammals of Russia. A taxonomic and geographic reference. Ed by I.Ya. Pavlinov, A.A. Lissovsky. Moscow: Tovarishchestvo nauchnykh izdanii KMK; 2012. P. 220-276. (In Russ.)]
- Wold S, Sjöström M, Eriksson L. PLS-regression: a basic tool of chemometrics. Chemom Intell Lab Syst. 2001;58(2):109-130. https://doi.org/10.1016/S0169-7439(01)00155-1.
- Gower JC. Generalized procrustes analysis. Psychometrika. 1975;40(1):33-51. https://doi.org/10.1007/bf02291478.
- Полунин Д.А., Штайгер И.А., Ефимов В.М. Разработка программного комплекса JACOBI 4 для многомерного анализа микрочиповых данных // Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии. – 2014. – Т. 12. – № 2. – С. 90–98. [Polunin DA, Shtayger IA, Efimov VM. JACOBI 4 software for multivariate analysis of microarray data. Vestnik NSU. Ser.: Information Technology. 2014;12(2):90-98. (In Russ.)]
- Cavalli-Sforza LL, Edwards AW. Phylogenetic analysis. Models and estimation procedures. Am J Hum Genet. 1967;19:233-257. https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1967.tb03411.x.
- Sharp PM, Li WH. An evolutionary perspective on synonymous codon usage in unicellular organisms. J Mol Evol. 1986;24(1-2):28-38. https://doi.org/10.1007/bf02099948.
- Goldman N, Yang Z. A codon-based model of nucleotide substitution for protein-coding DNA sequences. Mol Biol Evol. 1994;11(5):725-736. https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a040153.
- Schneider A, Cannarozzi GM, Gonnet GH. Empirical codon substitution matrix. BMC bioinformatics. 2005;6:134. https://doi.org/10.1186/1471-2105-6-134.
- Torgerson WS. Multidimensional scaling: I. Theory and method. Psychometrika. 1952;17(4):401-419. https://doi.org/10.1007/bf02288916.
- Gower JC. Some distance properties of latent root and vector methods used in multivariate analysis. Biometrika. 1966;53:325-338. https://doi.org/10.1093/biomet/53.3-4.325.
- Legendre P, Legendre L. Numerical Ecology: second English edition. In: Developments in Environmental Modelling. Amsterdam: Elsevier; 1998. 853 p.
- Adams DC. Quantifying and comparing phylogenetic evolutionary rates for shape and other high-dimensional phenotypic data. Syst Biol. 2014;63(2):166-177. https://doi.org/10.1093/sysbio/syt105.
- Ефимов В.М., Ковалева В.Ю., Литвинов Ю.Н. Комбинирование генов и оценка конгруэнтности их филогенетических сигналов на основе геометрического подхода // Вавиловский журнал генетики и селекции. – 2016. – Т. 20. – № 6. – С. 816–822. [Efimov VM, Kovaleva VYu, Litvinov YuN. The combination of genes and their assessment of the congruence of phylogenetic signals based on geometric approach. Vavilov Journal of Genetics and Breeding.2016;20(6):816-822. (In Russ.)]. https://doi.org/10.18699/VJ16.153.
- Ковалева В.Ю. Блочно-модульная организация фенотипической изменчивости: Автореф. дис. … д-ра биол. наук. – Новосибирск, 2017. – 47 с. [Kovaleva VYu. Blochno-modulnaya organizatsiya fenotipicheskoi izmenchivosti. [dissertation] Novosibirsk; 2017. 47 p. (In Russ.)]. Доступно по: https://search.rsl.ru/ru/record/01006658833. Ссылка активна на 14.01.2019.
- Захаров В.М. Асимметрия животных: популяционно-феногенетический подход. – М.: Наука, 1987. – 216 с. [Zakharov VM. Asimmetriya zhivotnykh populyatsionno-fenogeneticheskii podkhod. Moscow: Nauka; 1987. 216 p. (In Russ.)]
- Bannikova AA, Lebedev VS, Lissovsky AA, et al. Molecular phylogeny and evolution of the Asian lineage of vole genus Microtus (Rodentia: Arvicolinae) inferred from mitochondrial cytochrome b sequence. Biol J Linnean Soc. 2010;99(3):595-613. https://doi.org/10.1111/j.1095-8312.2009.01378.x.
- Поздняков А.А., Ковалева В.Ю., Ефимов В.М., Литвинов Ю.Н. Сопряженность морфотипической и молекулярно-генетической изменчивости полевок группы родов МICROTUS // Териофауна России и сопредельных территорий / Международное совещание. X Съезд Териологического общества при РАН, 1–5 февраля 2016 г. – М.: Товарищество научных изданий КМК, 2016. – С. 333. [Pozdnyakov AA, Kovaleva VYu, Efimov VM, Litvinov YuN. Sopryazhennost’ morfotipicheskoi i molekulyarno-geneticheskoi izmenchivosti polevok gruppy rodov MICROTUS. In: Teriofauna of Russia and Adjacent Territories: International Conference. X Congress of the Teriological Society of the Russian Academy of Sciences, February 1-5, 2016. Moscow: Tovarishchestvo nauchnykh izdanii KMK; 2016. Р. 333. (In Russ.)]
- Шмидт В.М. Развитие представлений о корреляциях и корреляционной структуре биологических объектов // Исследование биологических систем математическими методами / Труды Биологического НИИ ЛГУ. – Л.: Изд-во Ленинградского ун-та, 1985. – № 37. – С. 5–18. [Shmidt VM. Razvitie predstavlenii o korrelyatsiyakh i korrelyatsionnoi strukture biologicheskikh obektov. In: Issledovanie biologicheskikh sistem matematicheskimi metodami. Tr. Boil. NII LGU. 1985;(37):5-18. (In Russ.)]
- Ефимов В.М. Проблемы многомерного анализа экологических данных: Автореф. дис ... д-ра биол. наук. – Томск: ТГУ; 2003. – 39 с. [Efimov VM. Problemy mnogomernogo analiza ekologicheskikh dannykh. [dissertation] Tomsk: TGU; 2003. 39 р. (In Russ.)]. Доступно по: https://search.rsl.ru/ru/record/01002652594. Ссылка активна на 14.01.2019.
- Ефимов В.М., Ковалева В.Ю. Многомерный анализ биологических данных: учебное пособие. – 2-е изд., испр. и доп. – СПб.: ВИЗР РАСХН, 2008. – 87 с. [Efimov VM, Kovaleva VYu. Mnogomernyi analiz biologicheskikh dannykh: uchebnoe posobie. 2nd ed. Saint Petersburg: VIZR RASKHN; 2008. 87 p. (In Russ.)]
- Gilbert SF. Developmental biology. 8th ed. Sunderland, MA; 2006. 751 p. https://doi.org/10.1162/biot.2006.1.2.209.
- Исаева В.В. Преобразования симметрии в онтогенезе и эволюции [интернет] // Морфогенез в индивидуальном и историческом развитии: симметрия и асимметрия. Серия: Геобиологические процессы в прошлом. – М.: ПИН РАН; 2013. – С. 22–43. [Isaeva VV. Preobrazovaniya simmetrii v ontogeneze i evolyutsii [Internet]. In: Morfogenez v individualnom i istoricheskom razvitii simmetriya i asimmetriya. Seriya: Geobiologicheskie protsessy v proshlom. Moscow: PIN RAN; 2013. P. 22-43. (In Russ.)]. Доступно по: http://os.x-pdf.ru/20biologiya/768960-1-preobrazovaniya-simmetrii-ontogeneze-evolyucii-2013-isaeva-institu.php. Ссылка активна на 12.12.2018.
- Ковалева В.Ю., Фалеев В.И. Морфологическая изменчивость полевки-экономки Microtus oeconomus (Rodentia, Cricetidae) в различных температурных условиях среды // Зоологический журнал. – 1994. – Т. 73. – № 9. – С. 139–145. [Kovaleva VYu, Faleev VI. Morphological variability of Microtus oeconomus (Rodentia, Cricetidae) in different temperature conditions. Russian journal of zoology. 1994;73(9):139-145. (In Russ.)]
- Ковалева В.Ю., Ефимов В.М., Фалеев В.И. Краниометрическая изменчивость сеголеток водяной полевки Arvicola terrestris (Rodentia, Cricetidae) в связи с факторами среды // Зоологический журнал. – 1996. – Т. 75. – № 10. – С. 1558–1559. [Kovaleva VYu, Efimov VM, Faleev VI. Craniometric variation of non-wintering water voles Arvicola terrestris (Rodentia, Cricetidae) in different environmental conditions. Russian journal of zoology.1996;75(10):1551-1559. (In Russ.)]
- Поздняков А.А. Морфотипическая изменчивость серых полевок (Rodentia, Arvicolidae, Microtus) в связи с температурными условиями среды // Успехи современной биологии. – 2003. – Т. 123. – № 2. – С. 187–194. [Pozdnyakov AA. Morphotypical variability of voles of the subgenus Alexandromys (Rodentia, Arvicolidae, Microtus) related to temperature conditions. Biol Bull Reviews. 2003;1:471. (In Russ.)]. https://doi.org/10.1134/S2079086411050070.
- dos Reis M, Savva R, Wernisch L. Solving the riddle of codon usage preferences: a test for translational selection. Nucleic Acids Res. 2004;32:5036-5044. https://doi.org/10.1093/nar/gkh834.
- Krisko A, Copic T, Gabaldon T, et al. Inferring gene function from evolutionary change in signatures of translation efficiency. Genome Biol. 2014;15(3):R44. https://doi.org/10.1186/gb-2014-15-3-r44.
- Novoa EM, Ribas de Pouplana L. Speeding with control: codon usage, tRNAs, and ribosomes. Trends Genet. 2012;28(11):574-581. https://doi.org/10.1016/j.tig.2012.07.006.
- Pechmann S, Frydman J. Evolutionary conservation of codon optimality reveals hidden signatures of cotranslational folding. Nat Struct Mol Biol. 2013;20:237-243. https://doi.org/10.1038/nsmb.2466.
- Buhr F, Jha S, Thommen M, et al. Synonymous codons direct cotranslational folding toward different protein conformations. Molecular Cell. 2016;61(3):341-351. https://doi.org/10.1016/j.molcel.2016.01.008.
- Hershberg R, Petrov DA. Selection on codon bias. Annu Rev Genet. 2008;42:287-299. https://doi.org/10.1146/annurev.genet.42.110807.091442.
Дополнительные файлы
![](/img/style/loading.gif)