ИЗУЧЕНИЕ СТРУКТУРЫ МИКРОБНОГО СООБЩЕСТВА ЗАСОЛЕННЫХ ПОЧВ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ


Цитировать

Полный текст

Аннотация

С использованием метода пиросеквенирования (454 Roche) исследована таксономическая структура почвенного микробного сообщества в 6 пробах, отобранных из солончака вдоль градиента засоленности и в двух пробах незасоленных почв. В результате анализа выявлены три основные экологические группы микроорганизмов, закономерно сменяющие друг друга в зависимости от степени засоленности почвы. Галофильные микроорганизмы представлены в основном бактериями - представителями трех фил: Firmicutes, Proteobacteria и Bacteroidetes, и в меньшей степени археями (сем. Halobacteriaceae). На расстоянии 150-200 м от наиболее засоленной точки микробное сообщество проявляет значительное сходство с контрольными образцами незасоленной почвы.

Об авторах

Елизавета Владимировна Першина

Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной микробиологии, Санкт-Петербург, РФ

Email: Pershina.elizaveta@yandex.ru

Гайк Симакович Тамазян

Санкт-Петербургский государственный университет, Санкт-Петербург, РФ

Email: tamazyangayk@gmail.com

Александр Сергеевич Дольник

Санкт-Петербургский государственный университет, Санкт-Петербург, РФ

Email: alexander.dolnik@gmail.com

Александр Георгиевич Пинаев

Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной микробиологии, Санкт-Петербург, РФ

Email: a_pinaev@yahoo.com

Нурлан Хабибулович Сергалиев

Западно-Казахстанский аграрно-технический университет им. Жангир хана, Уральск, Казахстан

Евгений Евгеньевич Андронов

Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной микробиологии, Санкт-Петербург, РФ

Email: eeandr@gmail.com

Список литературы

  1. Андронов Е. Е., Петрова С. Н., Пинаев А. Г. 2012. Изучение структуры микробного сообщества почвразной степени засоления с использованием T_RFLP и ПЦР с детекцией в реальном времени//Почвоведение. № 2. С. 173-183.
  2. Андронов Е. Е., Петрова С. Н., Ч ижевская Е. П. и др. 2009. Влияние внесения генетически модифицированного штамма Sinorhizobium meliloti Ach_5 на структуру почвенного сообщества микроорганизмов//Микробиология. Т. 78. № 4. С. 525-534.
  3. Лукашов В. В. 2009. Молекулярная эволюция и филогенетический анализ. М.: БИНОМ. Лаборатория знаний. 256 с.
  4. Acinas S. G., Sarma-Rupavtarm R., Klepac-Ceraj V. et al. 2005. PCR-induced sequence artifacts and bias: insights from comparison of two 16S rRNA clone libraries constructed from the same sample//Appl. Environ. Microbiol. V. 12. № 71. P. 8966-8969.
  5. Bates S. T. D., Berg-Lyons J. G., Caporaso W. A. et al. 2010. Examining the global distribution of dominant archaeal populations in soil//ISME J. № 5. P. 908-917.
  6. Benlloch S., López-López A., Casamayor E. et al. 2002. Prokaryotic genetic diversity throughout the salinity gradient of a coastal solar saltern//Env. Microbiol. V. 6. № 4. P. 349-360.
  7. Bodaker I., Sharon I., Suzuki M. T. et al. 2010. Comparative community genomics in the Dead Sea, an increasingly extreme environment//ISME J. V. 3. № 4. P. 399-407.
  8. Caton T. M., Witte L. R., Ngyuen H. D. et al. 2004. Halotolerant aerobic heterotrophic bacteria from the great salt plains of Oklahoma//Microb. Ecol. № 48. P. 449-462.
  9. Cole J. R., Wang Q., Cardenas E. et al. 2009. The Ribosomal Database Project: improved alignments and new tools for rRNA analysis//Nucleic Acids Res. № 37. P. D141-D145.
  10. Colwell R. K. 2009. Biodiversity: Concepts, Patterns and Measurement//The Princeton guide to ecology/Ed. Levin S. A. et al., Princeton.: Princeton University Press. P. 257-263.
  11. Crump B., Hopkinson Ch., Sogin M. et al. 2004. Microbial Biogeography along an Estuarine Salinity Gradient: Combined Influences of Bacterial Growth and Residence Time//Appl. Env. Microbiol. V. 70. № 3. P. 1494-1505.
  12. Fierer N. 2008. Microbial biogeography: patterns in microbial diversity across space and time//Accessing Uncultivated Microorganisms: from the Environment to Organisms and Genomes and Back/Ed. K. Zengler, Washington: ASM Press P. 95-115.
  13. Hollister E. B., Engledow A. S., Hammett A. J. et al. 2010. Shifts in microbial community structure along an ecological gradient of hypersaline soils and sediments//ISME J. № 4. P. 829-838.
  14. Janssen P. H. 2006. Identifying the dominant soil bacterial taxa in libraries of 16S rRNA and 16S rRNA genes//Appl. Environ Microbiol. V. 72. P. 1719-1728.
  15. Kunin V., Copeland A., Lapidus A. et al. 2008. A Bioinformatician's Guide to Metagenomics//Microbiology and molecular biology reviews. V. 72. № 4. P. 557-578.
  16. Mardis E. R. 2008. Next-Generation DNA Sequencing Methods//Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. V. 9. P. 211-219.
  17. Mesbah N. M., Abou-El-Ela S. H., Wiegel J. 2007. Novel and Unexpected Prokaryotic Diversity in Water and Sediments of the Alkaline, Hypersaline Lakes of the Wadi An Natrun, Egypt//Microbial ecology. V. 54. P. 598-617.
  18. Morales S. E., Cosart T. F., Johnson J. V. et al. 2009. Extensive Phylogenetic Analysis of a Soil Bacterial Community Illustrates Extreme Taxon Evenness and the Effects of Amplicon Length, Degree of Coverage, and DNA Fractionation on Classification and Ecological//Appl. Environ. Microbiol. V. 75. № 3. P. 668-675.
  19. Oren A. 2001. Halophilic Microorganisms and their environments. Boston: Kluwer Academic. 575 p.
  20. Rietz D. N., Haynes R. J. 2003. Effects of irrigationinduced salinity and sodicity on soil microbial activity//Soil Biology & Biochemistry. № 35. P. 845-854.
  21. Ronaghi M. 2004. Pyrosequencing: a tool for DNA sequencing analysis//Methods Mol. Biol. V. 255. P. 211-219.
  22. Schloss P. D., Westcott S. L., Ryabin T. et al. 2009. Introducing mothur: Open-source, platform-independent, community-supported software for describing and comparing microbial communities//Appl. Environ. Microbiol. V. 23. № 75. P. 7537-7541.
  23. Ventosa A., Mellado E., Sanchez-Porrro C. et al. 2008. Halophilic and halotolerant micro-organisms from soils//Microbiology of Extreme Soils/Eds. Dion P., Nautiyal C. S., Berlin: Springer-Verlag. P. 87-115.
  24. Walsh D. A., Papke R. T., Doolittle W. F. 2005. Archaeal diversity along a soil salinity gradient prone to disturbance//Environ. Microbiol. № 7. P. 1655-1666.
  25. Wooley J. C., Ye Y. 2010. Metagenomics: Facts and artifacts, and computational challenges//Journal of computer science and technology. V. 1. № 25. P. 71-81.
  26. Zvyagintsev D. G., Zenova G. M., Oborotov G. V. 2009. Moderately haloalkaliphilic actinomycetes in salt_affected soils//Eurasian Soil Science. V. 42. № 13. P. 1515-1520.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Першина Е.В., Тамазян Г.С., Дольник А.С., Пинаев А.Г., Сергалиев Н.Х., Андронов Е.Е., 2012

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».