ИЗУЧЕНИЕ СТРУКТУРЫ МИКРОБНОГО СООБЩЕСТВА ЗАСОЛЕННЫХ ПОЧВ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ
- Авторы: Першина Е.В.1, Тамазян Г.С.2, Дольник А.С.2, Пинаев А.Г.1, Сергалиев Н.Х.3, Андронов Е.Е.1
-
Учреждения:
- Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной микробиологии, Санкт-Петербург, РФ
- Санкт-Петербургский государственный университет, Санкт-Петербург, РФ
- Западно-Казахстанский аграрно-технический университет им. Жангир хана, Уральск, Казахстан
- Выпуск: Том 10, № 2 (2012)
- Страницы: 32-39
- Раздел: Статьи
- URL: https://journals.rcsi.science/ecolgenet/article/view/5789
- DOI: https://doi.org/10.17816/ecogen10232-39
- ID: 5789
Цитировать
Полный текст
Аннотация
Ключевые слова
Об авторах
Елизавета Владимировна Першина
Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной микробиологии, Санкт-Петербург, РФ
Email: Pershina.elizaveta@yandex.ru
Гайк Симакович Тамазян
Санкт-Петербургский государственный университет, Санкт-Петербург, РФ
Email: tamazyangayk@gmail.com
Александр Сергеевич Дольник
Санкт-Петербургский государственный университет, Санкт-Петербург, РФ
Email: alexander.dolnik@gmail.com
Александр Георгиевич Пинаев
Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной микробиологии, Санкт-Петербург, РФ
Email: a_pinaev@yahoo.com
Нурлан Хабибулович Сергалиев
Западно-Казахстанский аграрно-технический университет им. Жангир хана, Уральск, Казахстан
Евгений Евгеньевич Андронов
Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной микробиологии, Санкт-Петербург, РФ
Email: eeandr@gmail.com
Список литературы
- Андронов Е. Е., Петрова С. Н., Пинаев А. Г. 2012. Изучение структуры микробного сообщества почвразной степени засоления с использованием T_RFLP и ПЦР с детекцией в реальном времени//Почвоведение. № 2. С. 173-183.
- Андронов Е. Е., Петрова С. Н., Ч ижевская Е. П. и др. 2009. Влияние внесения генетически модифицированного штамма Sinorhizobium meliloti Ach_5 на структуру почвенного сообщества микроорганизмов//Микробиология. Т. 78. № 4. С. 525-534.
- Лукашов В. В. 2009. Молекулярная эволюция и филогенетический анализ. М.: БИНОМ. Лаборатория знаний. 256 с.
- Acinas S. G., Sarma-Rupavtarm R., Klepac-Ceraj V. et al. 2005. PCR-induced sequence artifacts and bias: insights from comparison of two 16S rRNA clone libraries constructed from the same sample//Appl. Environ. Microbiol. V. 12. № 71. P. 8966-8969.
- Bates S. T. D., Berg-Lyons J. G., Caporaso W. A. et al. 2010. Examining the global distribution of dominant archaeal populations in soil//ISME J. № 5. P. 908-917.
- Benlloch S., López-López A., Casamayor E. et al. 2002. Prokaryotic genetic diversity throughout the salinity gradient of a coastal solar saltern//Env. Microbiol. V. 6. № 4. P. 349-360.
- Bodaker I., Sharon I., Suzuki M. T. et al. 2010. Comparative community genomics in the Dead Sea, an increasingly extreme environment//ISME J. V. 3. № 4. P. 399-407.
- Caton T. M., Witte L. R., Ngyuen H. D. et al. 2004. Halotolerant aerobic heterotrophic bacteria from the great salt plains of Oklahoma//Microb. Ecol. № 48. P. 449-462.
- Cole J. R., Wang Q., Cardenas E. et al. 2009. The Ribosomal Database Project: improved alignments and new tools for rRNA analysis//Nucleic Acids Res. № 37. P. D141-D145.
- Colwell R. K. 2009. Biodiversity: Concepts, Patterns and Measurement//The Princeton guide to ecology/Ed. Levin S. A. et al., Princeton.: Princeton University Press. P. 257-263.
- Crump B., Hopkinson Ch., Sogin M. et al. 2004. Microbial Biogeography along an Estuarine Salinity Gradient: Combined Influences of Bacterial Growth and Residence Time//Appl. Env. Microbiol. V. 70. № 3. P. 1494-1505.
- Fierer N. 2008. Microbial biogeography: patterns in microbial diversity across space and time//Accessing Uncultivated Microorganisms: from the Environment to Organisms and Genomes and Back/Ed. K. Zengler, Washington: ASM Press P. 95-115.
- Hollister E. B., Engledow A. S., Hammett A. J. et al. 2010. Shifts in microbial community structure along an ecological gradient of hypersaline soils and sediments//ISME J. № 4. P. 829-838.
- Janssen P. H. 2006. Identifying the dominant soil bacterial taxa in libraries of 16S rRNA and 16S rRNA genes//Appl. Environ Microbiol. V. 72. P. 1719-1728.
- Kunin V., Copeland A., Lapidus A. et al. 2008. A Bioinformatician's Guide to Metagenomics//Microbiology and molecular biology reviews. V. 72. № 4. P. 557-578.
- Mardis E. R. 2008. Next-Generation DNA Sequencing Methods//Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. V. 9. P. 211-219.
- Mesbah N. M., Abou-El-Ela S. H., Wiegel J. 2007. Novel and Unexpected Prokaryotic Diversity in Water and Sediments of the Alkaline, Hypersaline Lakes of the Wadi An Natrun, Egypt//Microbial ecology. V. 54. P. 598-617.
- Morales S. E., Cosart T. F., Johnson J. V. et al. 2009. Extensive Phylogenetic Analysis of a Soil Bacterial Community Illustrates Extreme Taxon Evenness and the Effects of Amplicon Length, Degree of Coverage, and DNA Fractionation on Classification and Ecological//Appl. Environ. Microbiol. V. 75. № 3. P. 668-675.
- Oren A. 2001. Halophilic Microorganisms and their environments. Boston: Kluwer Academic. 575 p.
- Rietz D. N., Haynes R. J. 2003. Effects of irrigationinduced salinity and sodicity on soil microbial activity//Soil Biology & Biochemistry. № 35. P. 845-854.
- Ronaghi M. 2004. Pyrosequencing: a tool for DNA sequencing analysis//Methods Mol. Biol. V. 255. P. 211-219.
- Schloss P. D., Westcott S. L., Ryabin T. et al. 2009. Introducing mothur: Open-source, platform-independent, community-supported software for describing and comparing microbial communities//Appl. Environ. Microbiol. V. 23. № 75. P. 7537-7541.
- Ventosa A., Mellado E., Sanchez-Porrro C. et al. 2008. Halophilic and halotolerant micro-organisms from soils//Microbiology of Extreme Soils/Eds. Dion P., Nautiyal C. S., Berlin: Springer-Verlag. P. 87-115.
- Walsh D. A., Papke R. T., Doolittle W. F. 2005. Archaeal diversity along a soil salinity gradient prone to disturbance//Environ. Microbiol. № 7. P. 1655-1666.
- Wooley J. C., Ye Y. 2010. Metagenomics: Facts and artifacts, and computational challenges//Journal of computer science and technology. V. 1. № 25. P. 71-81.
- Zvyagintsev D. G., Zenova G. M., Oborotov G. V. 2009. Moderately haloalkaliphilic actinomycetes in salt_affected soils//Eurasian Soil Science. V. 42. № 13. P. 1515-1520.