АНАЛИЗ ЭВОЛЮЦИОННОЙ НОВИЗНЫ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ, ЭКСПРЕССИРУЮЩИХСЯ В ОПУХОЛЯХ
- Авторы: Самусик Н.А.1, Галачьянц Ю.П.2, Козлов А.П.1
-
Учреждения:
- Биомедицинский центр, Санкт-Петербург, РФ
- Лимнологический институт СО РАН, Иркутск, Иркутская Область, РФ
- Выпуск: Том 7, № 2 (2009)
- Страницы: 26-37
- Раздел: Статьи
- URL: https://journals.rcsi.science/ecolgenet/article/view/5396
- DOI: https://doi.org/10.17816/ecogen7226-37
- ID: 5396
Цитировать
Аннотация
В предыдущих работах мы определили новый класс последовательностей человека, экспрессирующихся преимущественно в опухолях. Здесь мы представляем результаты сравнительно-геномного анализа и анализа консервативности для девяти ранее описанных опухолеспецифических последовательностей. Tри последовательности специфичны для приматов. Для трех последовательностей, имеющих ортологи в геномах млекопитающих, анализ частот нуклеотидных замен и поиск консервативных элементов показал, что они эволюционируют нейтрально. Oставшиеся три последовательности являются консервативными. Эти результаты подтверждают ранее сформулированную нами гипотезу о том, что в опухолях экспрессируются эволюционно новые последовательности.
Ключевые слова
Об авторах
Николай Анатольевич Самусик
Биомедицинский центр, Санкт-Петербург, РФ
Email: veraptor@yandex.ru
Юрий Павлович Галачьянц
Лимнологический институт СО РАН, Иркутск, Иркутская Область, РФ
Email: yuragal@gmail.com
Андрей Петрович Козлов
Биомедицинский центр, Санкт-Петербург, РФ
Email: contact@biomed.spb.ru
Список литературы
- Eвтушенко В. И., Хансон К. П., Барабицкая О. В. и др., 1989. Определение верхнего предела величины экспрессии генома крысы//Молекулярная биология. Т. 23, № 3. С. 663-675.
- Козлов А. П., 1976. Регуляторные механизмы как выражение и результат эволюции конкурентных отношений между генами//Соленостные адаптации водных организмов. Ленинград: Изд-во АН СССР, стр. 237.
- Козлов А. П., 1983. Принципы многоуровневого развития организмов//Проблемы анализа биологических систем/Ред. Максимов В. Н. Москва, изд-во Московского университета, стр. 48-62.
- Козлов А. П., 1987. Генная конкуренция и возможная эволюционная роль опухолей и клеточных онкогенов//Теоретические и математические аспекты морфогенеза/Ред. Преснов Е. В., Маресин Е. В., Зотин А. И. Москва, изд-во «Наука», стр. 136-140.
- Козлов А. П., 1988. Принципы сохранения в системе молекулярно-биологических законов. Теоретическая биология: структурно-функциональный подход. Л.: Изд-во ЛГУ. С. 4-21.
- Козлов А. П., 2008. Опухоли и эволюция//Вопросы онкологии. Vol. 54. N 6. P. 695-705.
- Banyani L., Varadi A., Patthy L., 1983. Common evolutionary origin of the fibrin-binding structures of fibronectin and tissue-type plasminogen activator//FEBS Lett. Vol. 163. p. 37.
- Baranova A. V., Lobashev A. V. et al., 2001. In silico screening for tumour-specific expressed sequences in human genome//FEBS Lett. Vol. 508. P. 143-148.
- Begun D. J., Lindfors H. A., Thompson M. E., Holloway A. K., 2006. Recently evolved genes identified from Drosophila yakuba and D. erecta accessory gland expressed sequence tags//Genetics. Vol. 172. N 3. P. 1675-1681.
- Begun D. J., Lindfors H. A., Kern A. D., Jones C. D., 2007. Evidence for de novo evolution of testis-expressed genes in the Drosophila yakuba/Drosophila erecta clade//Genetics. Vol. 176. N 2. P. 1131-1137.
- Blaise S., de Parseval N., Bйnit L., Heidmann T., 2003. Genomewide screening for fusogenic human endogenous retrovirus envelopes identifies syncytin 2, a gene conserved on primate evolution//Proc. Natl. Acad. Sci. Vol. 1000. N 22. P. 13013-13018.
- Comeron J. M., 1995. A method for estimating the numbers of synonymous and nonsynonymous substitutions per site//J. Mol. Evol. Vol. 41, N 6. P. 1152-1159.
- Comeron J. M., 1999. K-Estimator: calculation of the number of nucleotide substitutions per site and the confidence intervals//Bioinformatics. Vol. 9. P 763-764.
- Doolittle R. F., 1985. The genealogy of some recently evolved vertebrate proteins//Trends Biochem Sci. Vol. 10. P. 233.
- Evtushenko V. I., Khanson K. P., Barabitskaia O. V. et al., 1989. Determination of the upper limit of the value for rat genome expression//Mol. Biol. (Mosk). Vol. 23. N 3. P. 663-675.
- Gokhale P. J., Giesberts A. M., Andrews P. W., 2000. Brachyury is expressed by human teratocarcinoma cells in the absence of mesodermal differentiation//Cell Growth. Differ. Vol. 11. N 3. P. 157-162.
- Guan Y., Kuo W. L., Stilwell J. L. et al., 2007. Amplification of PVT1 Contributes to the Pathophysiol-ogy of Ovarian and Breast Cancer//Clin. Cancer Res. Vol. 13. N 19. P. 5745-5755.
- Hardison R. C., Roskin K. M., Yang S. et al., 2003. Covariation in frequencies of substitution, deletion, transposition, and recombination during eutherian evolution//Genome Res. Vol. 13, N 1. P. 13-26.
- Haldane J. B. S., 1932. The Causes of Evolution. Longmans & Green, London.
- Jungert K., Buck A., Buchholz M. et al. 2006. Smad-Sp1 complexes mediate TGFbeta-induced early transcription of oncogenic Smad7 in pancreatic cancer cells//Carcinogenesis. Vol. 27. N 12. P. 2392-2401.
- Kanai M., Wei D., Li Q. et al. 2006. Loss of Kruppel-like factor 4 expression contributes to Sp1 overexpression and human gastric cancer development and progression//Clin. Cancer Res. Vol. 12. N. 21. P. 6395-6402.
- Kapranov P., Cheng J., Dike S. et al., 2007. RNA maps reveal new RNA classes and a possible function for pervasive transcription//Science. Vol. 316 (5830). P. 1484-1488.
- Kimura M., 1980. A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences//J. Mol. Evol. Vol. 16, N 2. P. 111-120.
- Kowalski P. E., Freeman J. D., Nelson D. T., Mager D. L., 1997. Genomic structure and evolution of a novel gene (PLA2L) with duplicated phospholipase A2-like domains//Genomics. Vol. 39, N 1. P. 38-46.
- Kozlov A. P., 1992. The maximal expression of mammalian genome, the complexity of tumor-specific transcripts and the cloning of tumor-specific cDNAs//Abstracts of Annual Meeting Sponsored by Laboratory of Tumor Cell Biology. Bethesda, MD, USA.
- Kozlov A. P., Galachyants Y. P., Dukhovlinov I. V. et al., 2006. Evolutionarily new sequences expressed in tumors//Infect Agent Cancer. Vol. 1. P. 8.
- Krukovskaja L. L., Baranova A. V., Tyezelova T. et al., 2005. Experimental study of human expressed sequences newly identified in silico as tumour specific//Tumour Biol. Vol. 26, P. 17-24.
- Kozlov A. P., 1979. Evolution of Living Organisms as a Multilevel Process//J Theor Biol. Vol. 81. P. 1-17.
- Kozlov A. P., 1996. Gene Competition and the Possible Evolutionary Role of Tumours//Medical Hypotheses. Vol. 46, P. 81-84.
- Muller H. J., 1935. The origin of chromatin deficiencies as minute deletions subject to insertion elsewhere//Genetics. Vol. 17. P. 237-252.
- Ohno S., 1970. Evolution by gene duplication. Springer, Berlin.
- Okahara G., Matsubara S., Oda T. et al., 2004. Expression analyses of human endogenous retroviruses (HERVs): tissue-specific and developmental stage-dependent expression of HERVs//Genomics. Vol. 84. N 6. P. 982-990.
- Palena C., Polev D. E., Tsang K. Y. et al., 2007. The human T-box mesodermal transcription factor Brachyury is a candidate target for T-cell-mediated cancer immunotherapy//Clin Cancer Res. Vol. 13, N 8. P. 2471-2478.
- Patthy L., 1985. Evolution of the proteases of blood coagulation and fibrinolysis by assembly from modules//Cell. Vol. 41. P. 657.
- Pedersen J. S., Bejerano G., Siepel A. et al., 2006. Identification and classification of conserved RNA secondary structures in the human genome//PLoS Comput Biol. Vol. 2. N 4. P. 33-38.
- Pennisi E., 2007. Genomics DNA study forces rethink of what it means to be a gene//Science. Vol. 316 (5831). P. 1556-1557.
- Sark M. W., Fischer D. F., de Meijer E. et al., 1998. AP-1 and ets transcription factors regulate the expression of the human SPRR1A keratinocyte terminal differentiation marker//J. Biol. Chem. Vol. 273. N 8. P. 24683-24692.
- Schiavetti F., Thonnard J., Colau D. et al., 2002. A human endogenous retroviral sequence encoding an antigen recognized on melanoma by cytolytic T lymphocytes//Cancer Res. Vol. 62. N 19. P. 5510-5516.
- Schwartz S., Kent W. J., Smit A. et al., 2003. Human-Mouse Alignments with BLASTZ//Genome Res. Vol. 13. N 1. P. 103-107.
- Sjottem E., Anderssen S., Johansen T., 1996. The promoter activity of long terminal repeats of the HERV-H family of human retrovirus-like elements is critically dependent on Sp1 family proteins interacting with a GC/GT box located immediately 3' to the TATA box//J. Virol. Vol. 70. N 1. P. 188-198.
- Stauffer Y., Theiler G., Sperisen P. et al., 2004. Digital expression profiles of human endogenous retroviral families in normal and cancerous tissues//Cancer Immun. Vol. 4. P. 2.
- Tong Y., Tan Y., Zhou C., Melmed S., 2007. Pituitary tumor transforming gene interacts with Sp1 to modulate G1/S cell phase transition//Oncogene. Vol. 26. N 38. P. 5596-5605.
- Wilkinson D. A., Freeman J. D., Goodchild N. L. et al., 1990. Autonomous expression of HERV-H endogenous retroviruslike elements in human cells//J. Virol. Vol. 64. P. 2157-2167. 29.