ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ РЕКОМБИНАНТНОГО ТАТА-СВЯЗЫВАЮЩЕГО БЕЛКА С ТАТА-БОКСАМИ ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ МЛЕКОПИТАЮЩИХ


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Получены количественные характеристики взаимодействия рекомбинантного ТАТА связывающего белка (ТВР) с олигонуклеотидами, идентичными промоторной области природных ТАТА-содержащих генов млекопитающих. В частности, получены новые экспериментальные данные о значимости гуанина в 8-й позиции ТАТА-элемента для сродства к ТВР. Получены экспериментальные данные, свидетельствующие о том, что обогащенность фланкирующих ТАТА-бокс последовательностей G и С нуклеотидами делает вклад в повышенное сродство олигонуклеотида к ТВР.

Об авторах

Людмила Кузьминична Савинкова

Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Новосибирская область, РФ

Email: savinkl@mail.ru

Ирина Альбертовна Драчкова

Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Новосибирская область, РФ

Михаил Павлович Пономаренко

Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Новосибирская область, РФ

Марина Владимировна Лысова

Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Новосибирская область, РФ

Татьяна Валентиновна Аршинова

Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Новосибирская область, РФ

Николай Александрович Колчанов

Институт цитологии и генетики СО РАН, Новосибирск, Новосибирская область, РФ

Email: kol@bionet.nsc.ru

Список литературы

  1. Драчкова И. А. Взаимодействие белков базального транскрипционного комплекса РНК-полимеразы II с олигорибонуклеотидами/Драчкова И. А., Лысова М. В., Репкова М. Н. [и др.]//Мол. биология. -2005. -Т. 39. -№ 1. -139-146.
  2. Пономаренко М. П. Моделирование последовательностей ТАТА-боксов генов эукариот/Пономаренко М. П., Савинкова Л. К., Пономаренко Ю. В. [и др.]//Мол. биология -1997. -Т. 31. -С. 726-732.
  3. Brakenhoff R. H. Activation of the gamma E-crystallin pseudogene in the human hereditary Coppock-like cataract/Brakenhoff R. H., Henskens H. A, van Rossum M. W. [et al.]//Hum Mol Genet. -1994. -Vol. 3. -P. 279-283.
  4. Bradford M. M. A rapid and sensitive method for the quantitation of microgram quantities of protein utilizing the rinciple of protein-dye binding/Bradford M. M.//Analyt. Biochem. -1976. -Vol. 72. -P. 248-254.
  5. Caron C. Functional and biochemical interaction of the IITLV-1TAX1 transactivator with TBP/Caron C., Rousset R., Beraud C. [et al.]//EMBO J. -1993. -Vol. 12. -P. 4269-4278.
  6. Gill G. A highly conserved domain of TFIID displays species specificity in vivo/Gill G., Tjian R.//Cell. -1991. -Vol. 65. -P. 333-340.
  7. Girard H. UGT1A1 polymorphisms are important determinants of dietary carcinogen detoxification in the liver/Girard H., Thibaudeau J., Court M. H. [et al.]//Hepatology. -2005. -Vol. 42. -P. 448-457.
  8. Giedrac D.P. Structural and functional differences between the two intrinsic zinc ions of E. coli RNA polymerase/Giedrac D. P., Coleman J. E.//Biochemistry. -1986. -Vol. 25. -P 4969-4978.
  9. Hoffman A. Highly conserved core domain and unique N terminus with presumptive regulatory motifs in a human TATA factor (TFIID)/Hoffman A., Sihn E., Roeder R. G.//Nature. -1990. -Vol. 346. -P. 387-390.
  10. Horikoshi M. Analysis of structure-function relationships of yeast TATA box binding factor TFIID/Horikoshi M., Yamamoto T. [et al.]//Cell. -1990. -Vol. 61. -P. 1171 -1178.
  11. Horikoshi M. Direct interaction between adenovirus E1A protein and the TATA box binding transcription factor IID/Horikoshi N., Maquire K., Kralli A. [et al.]//Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1991. -Vol. 88. -P. 5124-5128.
  12. Ingles C. J. Reduced binding of TFIID to transcriptionally compromised mutants of VP16/Ingles C. J., Shales M., Cress W D. [et al.]//Nature. -1991. -Vol. 351. -P. 588-590.
  13. Johnson S. A. S. The TATA-binding protein as a regulator of cellular Transformation/Johnson S. A. S., Dubeau L. [et al.]//Cell Cycle. -2003. -Vol. 2. -P. 442-444.
  14. Kuddus R. Effect of the non-conserved N-terminus on the DNA binding activity of the yeast TATA-binding protein/Kuddus R., Schmidt M. C.//Nucl. Acids Res. -1993. -Vol. 21. -P. 1789-1796.
  15. Kumarev V.P. Super-rapidsynthesisoligodeoxynucleotides on a micro-scale/Kumarev V. P., Kobzev V F., Kuznedelov K. D., Sredin Yu. G.//Nucl. Acids Res. Sym. Ser. -1991. -Vol. 24. -P. 234.
  16. Lee M. Multiple functions of the noncoserved terminal domain of yeast TATA-binding protein/Lee M., Struhl K.//Genetics. -2001. -Vol. 158. -P 87-93.
  17. Lieberman P. M. Two distinct domains in the yeast transcription factor IID and evidence for a TATA box-induced conformational change/Lieberman P. M., Schmidt M. C., Kao C. C., Berk A. J//Mol. Cell. Biol. -1991. -Vol. 11. -P. 63-74.
  18. Mannermaa A. A point mutation in the putative TATA box, detected in nondiseased individuals and patients with hereditary breast cancer, decreases promoter activity of the 17 beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 gene 2 (EDH17B2) in Vitro/Mannermaa A., Peltoketo H., Piao Y., [et al.]//Genomics. -1994. -Vol. 23. -P. 250-259.
  19. Masters K. M. Native human TATA-binding protein simultaneously binds and bends promoter DNA without a slow isomerization step or TFIIB requirement/Masters K. M., Parkhurst K. M., Daugherty M. A., Parkhurst L. J.//J. Biol. Chem. -2003. -Vol. 278. -P. 31685-31690.
  20. Meisterernst M. Family of proteins that interact with TFIID and regulate promoter activity/Meisterernst M., Roeder R. G.//Cell. -1991. -Vol. 67. -P 557-557.
  21. Mittal V. Role for the amino-terminal region of human TBP in U6 snRNA Transcription/Mittal V., Hernandez N.//Science -1997. -Vol. 275. -P 1136-1140.
  22. Nomura T. Mapping of subunit-subunit contacts surfaces on the ß-subunit of E. coli RNA polymerase/Nomura T., Fujita N., Ishihama A.//Biochem. -1999. -Vol. 38. -P. 1346-1355.
  23. Omar E. M. Interleukin-1 polymorphisms associated with increased risk of gastric cancer/Omar E. M., Carrington M., Chow W.H. [et al.]//Nature. -2000. -Vol. 404. -P 398-402.
  24. Orkin S. H. TATA box transcription mutation in beta-thalassemia/Orkin S. H., Sexton J. P., Cheng T. [et al.]//Nucl. Acids Res. -1983. -Vol. 11. -P. 4727-31.
  25. Peterson M. G. Functional domains and upstream activation properties of cloned human TATA-binding protein/Peterson M. G., Tanese N., Pugh B. F., Tjian R.//Science. -1990. -Vol. 248. -P 1625-1630.
  26. Ponjavic J. Transcriptional and structural impact of TATA-initiation site spacing in mammalian core promoters/Ponjavic J., Lenhard B., Kai C. [et al.]//Genome Biol. 2006. -Vol. 7. -P. 78.1 -18.
  27. Pugh B. F. Control of gene expression through regulation of the TATA-binding protein/Pugh B. F.//Gene. -2000. -Vol. 255. -P. 1 -14.
  28. Pugh F. Purification of the human TATA-binding protein, TBP/Pugh F.//From: Methods in Molecular Biology. -1995. -Vol. 37: In Vitro Transcription and Translation protocols. Edited by: M. J. Tymms Copyright 1995 Humana Press Inc., Totowa N. J.
  29. Reddy P. Dominant negative mutations in yeast TFIID define a bipartite DNA-binding region/Reddy P., Hahn S.//Cell. -1991. -Vol. 65. -P. 349-357.
  30. Simpson R. B. The molecular topography of RNA polymerase promoter interaction/Simpson R. B.//Cell -1979 b. -Vol. 18. -P. 277-285.
  31. Smale S. T. The RNA polymerase II core promoter/Smale S. T., Kadonaga J. T.//Ann. Rev. Biochem. -2003. -Vol. 72. -P. 449-479.
  32. Takihara Y. A novel mutation in the TATA box in a Japanese patient with beta +-thalassemia/Takihara Y., Nakamura T.,Yamada H. [et al.]//Blood. -1986. -Vol. 67. -P. 547-550.
  33. Wada C. A general transcription initiation factor, human transcription factor IID, overexpressed in human lung and breast carcinoma and rapidly induced with serum stimulation/Wada C., Kasai K., Kameya T., Ohtani H.//Cancer Res. -1992. -Vol. 52. -P. 307-313.
  34. Wobbe C. R. Yeast and human TATA-binding proteins have nearly identical DNA sequence requirements for transcription in vitro / Wobbe C. R., Struhl K. // Mol. Cell. Biol. - 1990. - Vol. 10. - P 23 35. Zhou Q. Requirement for acidic amino acid residues immediately N-terminal to the conserved domain of Saccharomyces cerevisiae TFIID / Zhou Q., Schmidt M. C., Berk A. J. // EMBO J. - 1991. - Vol. 10. - P. 1843-1852.

© Савинкова Л.К., Драчкова И.А., Пономаренко М.П., Лысова М.В., Аршинова Т.В., Колчанов Н.А., 2007

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
 


Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах