MICROSATELLITE POLYMORPHISM WITHIN TWO LAKE BAIKAL OILFISH SPECIES (COMEPHORUS LACEPEDE, 1801)


Cite item

Full Text

Abstract

Intraspecific genetic polymorphism of a Baikal Lake endemic, big Baikal oilfish (Comephorus baicalensis Pallas, 1776), was evaluated based on microsatellite analysis. The obtained results have compared to the results received earlier for a little Baikal oilfish (C. dybowski Korotneff, 1905). Six microsatellite loci designed for the European sculpin, Cottus gobio, were used. Big Baikal oilfish samples were tested from the three Baikal trenches (southern, middle, northern). Average values of FST and RSTindexes between the samples did not exceed 0,02 that point to weak intraspecific genetic differentiation. Big Baikal oilfish had the smaller allele variety, the greater deficit of heterozygotes and presence of low-molecular alleles in comparison with little Baikal oilfish. The values of genetic differentiation were equaled FST = 0,138 and RST = 0,244 for all loci between cumulative samples of little and big Baikal oilfish. Analysis of microsatellite polymorphism has showed that both a big and little Baikal oilfishes are represented by single populations. The factor promoting panmixia within the Baikal oilfish species is apparently a passive transfer of juvenile and adult fishes by water currents.

Keywords

About the authors

Veronika I Teterina

Limnological Institute SB RAS, Irkutsk, Irkutsk Oblast, RF

Lubov V Sukhanova

Limnological Institute SB RAS, Irkutsk, Irkutsk Oblast, RF

Sergey V Kirilchik

Limnological Institute SB RAS, Irkutsk, Irkutsk Oblast, RF

References

  1. Аношко П. Н. Морфологическая изменчивость и дифференциация малой голомянки Comephorus dybowskii Korotneff (Cottoidei, Comephoridae) в озере Байкал/П. Н. Аношко//Сиб. экологич. журн. -1998. -№ 5. -С. 453-458.
  2. Аношко П. Н. Изменение признаков внешней морфологии и трофического статуса у голомянок Comephorus dybowski Korotneff и C. baicalensis (Pallas) (Cottoidei, Comephoridae) оз. Байкал в процессе роста/П. Н. Аношко, Е. В. Дзюба, Н. Г. Мельник//Мат-лы рабочего совещ. молодых ученых Иркутск. НЦ СО РАН. «Междисциплинарные исследования в Байкальском регионе». -Иркутск: Ин-т географии СО РАН, 2001. -С. 5-10.
  3. Волерман И. Б. Характер питания и использования кормовой базы голомянками Байкала/И. Б. Волерман//Динамика продуцирования рыб Байкала: коллективн. монография. -Новосибирск: Наука, 1983 -С. 63-66.
  4. Дзюба Е. В. Исследование пищевых стратегий пелагических рыб Байкала: автореф. дис.... канд. биол. наук/Е. В. Дзюба. -Борок: ИБВВ РАН, 2004. -24 с.
  5. Коряков Е. А. Биология, ресурсы и хозяйственное значение голомянок/Е. А. Коряков//Исследования по ихтиофауне Байкала: тр. Лимнол. ин-та СО АН СССР. -М.-Л., 1964. -Т. 2. -С. 3-75.
  6. Коряков Е. А. Пелагические бычковые Байкала/Е. А. Коряков. -М.: Наука. -1972. -155 с.
  7. Мамонтов А. М. Динамика пространственного распределения и размерная структура голомянок (Comephoridae) в прибрежной пелагиали южного Байкала в зимний период/А. М. Мамонтов, П. Н. Аношко, А. В. Сороковиков [и др.]//Тр. каф. зоол. позвочн. Иркутск. гос. ун-та. -Иркутск: Иркутский ун-т, 2004. -Т. 2. -С. 52-64.
  8. Нагорный В. К. Особенности распределения и продукционная структура голомянок/В. К. Нагорный//Динамика продуцирования рыб Байкала: коллективн. монография. -Новосибирск: Наука, 1983. -С. 6-14.
  9. Стариков Г. В. Голомянки Байкала/Г. В. Стариков. -Новосибирск: Наука, 1977. -96 с.
  10. Талиев Д. Н. Бычки-подкаменщики Байкала (Cottoidei)/Д. Н. Талиев. -М.-Л.: АН СССР, 1955. -603 с.
  11. Тетерина В. И. Анализ генетического полиморфизма малой голомянки Comephorus dybowski Korotneff, 1905 (Scorpaeniformes: Cottoidei) по микросателлитным локусам/В. И. Тетерина, Л. В. Суханова, Б. Э. Богданов [и др.]//Генетика. -2005. -№ 7. -С. 919-924.
  12. Guillemette J. G. Detection of subnanogram quantities of DNA and RNA on native and denaturing polyacrylamide and agarose gels by silver staining/J. G. Guillemette, P N. Lewis//Electrophoresis. -1983. -Vol. 4. -P 92-94.
  13. Guo S. Performing the exact test of Hardy-Weinberg proportion for multiple alleles/S. Guo, E. Thomson//Biometrics. -1992. -Vol. 48. -P. 361-372.
  14. Шимараев М. Н. О межкотловинном водообмене в Байкале/М. Н. Шимараев, Н. Г. Гранин, В. М. Домышева [и др.]//Вод. ресурсы. -2003. -№ 6. -С. 678-681.
  15. Amos W. Microsatellites show mutational bias and heterozygote instability/W. Amos, S. J. Sawcer, R. W. Feakes, D. C. Rubinstein//Nat. Genet. -1996. -Vol. 13. -P 390-391.
  16. Brookfield J. F. Y. A simple new method for estimating null allele frequency from heterozygote deficiency/J. F. Y. Brookfield//Molecular Ecology. -1996. -Vol. 5. -P. 453-455.
  17. Cornuet J. M. Description and power analysis of two tests for detecting recent population bottlenecks from allele frequency data/J. M. Cornuet, G. Luikart//Genetics. -1996. -Vol. 144. -P. 2001-2014.
  18. Englbrecht C. C. Isolation and characterization of polymorphic microsatellite loci in the European bullhead Cottus gobio L. (Osteichthyes) and their applicability to related taxa/C. C. Englbrecht, C. R. Largiader, B. Hanfling, D. Tautz//Mol. Ecol. -1999. -Vol. 8. -N 11. -P. 1966-1999.
  19. Estoup A. Microsatellites and minisatellites for molecular ecology: theoretical and empirical considerations/A. Estoup, B. Angers//Advances in molecular ecology. -Amsterdam: IOS Press, 1998. -P. 55-86.
  20. Luikart G. Distortion of allele frequency distributions provides a test for recent population bottlenecks/G. Luikart, F. W. Allendorf, J.-M. Cornuet, W. B. Sherwin//The Journal of Heredity. -1998. -Vol. 89. -N 3. -P. 238-247.
  21. McConnel S. K. Polymorphic microsatellite loci from Atlantic salmon (Salmon salar): Genetic differentiation of North American and European populations/S. K. McConnel, P. Oreilly, L. Hamilton [et al]//Canad. J. Fish. Aquat. Sci. -1995. -Vol. 52. -N 9. -P. 1863-1872.
  22. Olsen J. B. Moderately and highly polymorphic microsatellites provide discordant estimates of population divergence in sockeye salmon, Oncorhynchus nerka //J. B. Olsen, C. Habicht, J. Reynolds, J. E. Seeb // Environmantal Biology of Fishes. - 2004. - Vol. 69. - P. 261-273.
  23. Pereyra R. Variation in habitat preference and population structure among three species of the Lake Malavi cichlid genus Protomelas/R. Pereyra, M. I. Taylor, G. F. Turner, C. Rico//Molecular Ecology. -2004. -Vol. 13. -P. 2691-2697.
  24. Rico C. No evidence for parallel sympatric speciation in cichlid species of the genus Pseudotropheus from northwestern Lake Malawi/C. Rico, P. Bouteillon, M. J. H. Van open [et al.]//J. Evol. Biol. -2003. -Vol. 16. -P. 37-46.
  25. Schneider S. Arlequin: A software for population genetics data analysis. Ver 2.000/S. Schneider, D. Roessli, L. Excoffier//Genetics and Biometry Lab. Dept. of Anthropology, Univ. Geneva. -2000.
  26. Shaw P. W. Genetic population structure indicates sympatric speciation of Lake Malawi pelagic cichlids/P. W. Shaw, G. F. Turner, M. R. Idid [et al.]//Proc. R. Soc. Lond. -2000. -Vol. 267 -P. 2273-2280.
  27. Tautz D. Notes on definition and nomenclature of tandemly repetitive DNA sequences/D. Tautz//DNA Fingerprenting: State of the Science. -Basel: Birkhauser Verlag, 1993. -P. 21-28.
  28. Van Oosterhout C. Micro-checker: software for identifying and correcting genotyping errors in microsatellite data/C. Van Oosterhout, W F. Hutchinson, D. P. M. Wills, P Shipley//Mol. Ecol. Notes. -2004. -Vol. 4. -P. 535-538.
  29. Van Oppen M. J. H. Unusually fine-scale genetic structuring found in rapidly speciating Malavi cichlid fishes/G. F. Turner, C. Rico [et al]//Proc. R. Soc. Lond. B. -1997. -Vol. 264. -P. 1803-1812.
  30. Wright S. Evolution and the genetics of populations. Vol. 4. Variability within and among natural populations/S. Wright. -Chicago, London: Univ. Chicago Press, 1978. -580 p.
  31. Yeh F. C. Population genetic analysis of co-dominant and dominant markers and quantitative traits/F. C. Yeh, T. J. B. Boyle//Belgian Journal of Botany. -1997. -Vol. 129. -P. 157.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2007 Teterina V.I., Sukhanova L.V., Kirilchik S.V.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».