Эффект сравнительного анализа различных аннотаций генома риса Oryza sativa для верификации in silico предсказанных промоторных последовательностей


Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

В рамках исследования проведен анализ предсказанных методом MAHDS промоторных последовательностей в геноме Oryza sativa с использованием трех аннотаций: RefSeq NCBI, Rice Genome Annotation Project, Ensembl. Установлено, что часть предсказанных промоторов локализована вблизи аннотированных генов, что указывает на их возможную функциональную роль. Остальные участки, представляющие интерес как потенциально новые регуляторные элементы, проанализированы с использованием YAPP на наличие мотивов коровых участков и их функциональных комбинаций. Все исследуемые предсказанные промоторы содержат Inr- или TATA-мотив – ключевые элементы инициации транскрипции. Выявленные сочетания этих мотивов указывают на высокую вероятность транскрипционной активности предсказанных последовательностей, а согласованность результатов с аннотированными данными и CAGE-seq подтверждает надежность и применимость метода MAHDS.

Об авторах

А. Н. Бубнова

Федеральное государственное учреждение “Федеральный исследовательский центр “Фундаментальные основы биотехнологии” Российской академии наук”

Email: an_bubnova@mail.ru
Москва, Россия

И. В. Яковлева

Федеральное государственное учреждение “Федеральный исследовательский центр “Фундаментальные основы биотехнологии” Российской академии наук”

Email: an_bubnova@mail.ru
Москва, Россия

А. М. Камионская

Федеральное государственное учреждение “Федеральный исследовательский центр “Фундаментальные основы биотехнологии” Российской академии наук”

Автор, ответственный за переписку.
Email: an_bubnova@mail.ru
Москва, Россия

Список литературы

  1. Zhang M., Jia C., Li F., et al. Critical assessment of computational tools for prokaryotic and eukaryotic promoter prediction // Briefings in Bioinformatics. 2022. V. 23, № 2.
  2. Dreos R., Ambrosini G., Périer R., et al. The Eukaryotic Promoter Database: expansion of EPDnew and new promoter analysis tools // Nucleic Acids Res. 2014. V. 43, № D1. P. 92–96.
  3. Shahmuradov I.A., Gammerman A. J., Hancock J. M. et al. PlantProm: a database of plant promoter sequences // Nucleic Acids Res. 2003. V. 31. P. 114–117.
  4. Kostenko D.O., Korotkov E. V. Application of the MAHDS Method for Multiple Alignment of Highly Diverged Amino Acid Sequences // Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23, № 7.
  5. Bubnova A.N., Yakovleva I. V., Korotkov E. V., et al. In silico verification of predicted potential promoter sequences in the rice (Oryza sativa) genome // Plants. 2023. V. 12. № 20.
  6. Sayers E.W., Bolton E. E., Brister J. R., et al. Database resources of the national center for biotechnology information // Nucleic Acids Research. 2022. V. 7, № 50. P. 20–26.
  7. Kawahara Y., de la Bastide M., Hamilton J. P., et al. Improvement of the Oryza sativa Nipponbare reference genome using next generation sequence and optical map data // Rice. 2013. V. 6, № 4.
  8. Quinlan A.R., Hall I. M. BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features // Bioinformatics. 2010. V. 26№ 6. P. 841–842.
  9. Thorvaldsdóttir H., Robinson J. T., Mesirov J. P. Integrative Genomics Viewer (IGV): high-performance genomics data visualization and exploration // Briefings in Bioinformatics. 2013. V. 14. P. 178–192.
  10. Jin V.X., Singer G. A., Agosto-Perez F. J., et al. Genome-wide analysis of core promoter elements from conserved human and mouse orthologous pairs // BMC Bioinformatics. 2006. V. 7, № 114.
  11. Smale S.T., Kadonaga J. T. The RNA polymerase II core promoter // Annual review of biochemistry. 2003. V. 72. № 1. P. 449–479.
  12. Smale S.T., Baltimore D. The “initiator” as a transcription control element // Cell. 1989. V. 57. № 1. P. 103–113.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Российская академия наук, 2025

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».