Первая находка ДНК нематоды рода Rhabdochona (Spiruromorpha: Thelazioidea: Rhabdochonidae) в метагеноме пищеварительного тракта глубоководного вида: широколобки Годлевского Abyssocottus (Limnocottus) godlewskii

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Впервые в пищеварительном тракте широколобки Годлевского Abyssocottus (Limnocottus) godlewskii методом высокопроизводительного секвенирования идентифицированы нуклеотидные последовательности фрагмента гена cox1 нематод с относительной представленностью ДНК 2,6%. Проведенный филогенетический анализ позволяет утверждать, что полученные последовательности принадлежат представителю семейства Rhabdochonidae (Spiruromorpha: Thelazioidea). Ранее в составе фауны паразитов озерных широколобок представители Rhabdochonidae отмечены не были. Обсуждаются возможные пути поступления ДНК нематод в пищеварительный тракт рыб.

Об авторах

Е. В. Дзюба

Лимнологический институт Сибирского отделения Российской академии наук

Email: jsap@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-0769-694X
Россия, ул. Улан-Баторская, 3, Иркутск, 664033

Ю. С. Букин

Лимнологический институт Сибирского отделения Российской академии наук

Email: jsap@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-4534-3846
Россия, ул. Улан-Баторская, 3, Иркутск, 664033

И. В. Ханаев

Лимнологический институт Сибирского отделения Российской академии наук

Email: jsap@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-6431-2765
Россия, ул. Улан-Баторская, 3, Иркутск, 664033

Б. Э. Богданов

Лимнологический институт Сибирского отделения Российской академии наук

Email: jsap@mail.ru
ORCID iD: 0000-0003-3989-8690
Россия, ул. Улан-Баторская, 3, Иркутск, 664033

А. С. Яхненко

Лимнологический институт Сибирского отделения Российской академии наук

Email: jsap@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-3740-7483
Россия, ул. Улан-Баторская, 3, Иркутск, 664033

Ю. П. Сапожникова

Лимнологический институт Сибирского отделения Российской академии наук

Автор, ответственный за переписку.
Email: jsap@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-3584-0750
Россия, ул. Улан-Баторская, 3, Иркутск, 664033

Н. Н. Деникина

Лимнологический институт Сибирского отделения Российской академии наук

Email: jsap@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-3952-3277
Россия, ул. Улан-Баторская, 3, Иркутск, 664033

Список литературы

  1. Altschul S.F., Gish W., Miller W. et al. 1990. Basic local alignment searchtool. Journal of Molecular Biology 215: 403-410. doi: 10.1016/S0022-2836(05)80360-2
  2. Armenteros M., Rojas-Corzo A., Ruiz-Abierno A. et al. 2014. Systematics and DNA barcoding of free-living marine nematodes with emphasis on tropical desmodorids using nuclear SSU rDNA and mitochondrial COI sequences. Nematology 16(8): 979-989. doi: 10.1163/15685411-00002824
  3. Bolger A.M., Lohse M., Usadel B. 2014. Trimmomatic: A flexible trimmerfor Illumina sequence data. Bioinformatics 30: 2114-2120. doi: 10.1093/bioinformatics/btu170
  4. Caspeta-Mandujano J.M., Moravec F., Salgado-Maldonado G. 2001. Two new species of rhabdochonids (Nematoda: Rhabdochonidae) from freshwater fishes in Mexico, with a description of a new genus. Journal of Parasitology 87(1): 139-43. doi: 10.1645/0022-3395(2001)087[0139:TNSORN]2.0.CO;2
  5. Gonçalves L.T., Bianchi F.M., Deprá M. et al. 2021. Barcoding a can of worms: testing cox1 performance as a DNA barcode of Nematoda. Genome 64(7): 705-717. doi: 10.1139/gen-2020-0140
  6. Harms-Tuohy C.A., Schizas N.V., Appeldoorn R.S. 2016. Use of DNA metabarcoding for stomach content analysis in the invasive lionfish Pterois volitans in Puerto Rico. Marine Ecology-Progress Series 558: 181-191. doi: 10.3354/meps11738
  7. Hirasawa R., Urabe M., Yuma M. 2004. Relationship between intermediate host taxon and infection by nematodes of the genus Rhabdochona. Parasitology International 53(1): 89-97. doi: 10.1016/j.parint.2003.12.001
  8. Hirasawa R., Urabe M. 2003. Ephemera strigata (Insecta: Ephemeroptera: Ephemeridae) is the intermediate host of the nematodes Rhabdochona denudata honshuensis and Rhabdochona coronacauda in Japan. Journal of Parasitology 89(3): 617-20. doi: 10.1645/GE-3106RN
  9. Hirasawa R., Yuma M. 2003. Ephemera strigata imagoes are the likely source of a parasitic nematode infection of fish. Folia parasitologica 50: 313-314.
  10. Hodda M. 2022. Phylum Nematoda: a classification, catalogue and index of valid genera, with a census of valid species. Zootaxa 5114(1):1-289. doi: 10.11646/zootaxa.5114.1.1
  11. Jakubavičiūtė E., Bergström U., Eklöf J.S. et al. 2017. DNA metabarcoding reveals diverse diet of the three-spined stickleback in a coastal ecosystem. PLoS One 12(10): e0186929. doi: 10.1371/journal.pone.0186929
  12. Knot I.E., Zouganelis G.D., Weedall G.D. et al. 2020. DNA barcoding of Nematodes using the MinION. Frontiers in Ecology and Evolution 8. doi: 10.3389/fevo.2020.00100
  13. Kumar S., Stecher G., Tamura K. 2016. MEGA7: Molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Molecular Biology and Evolution 33: 1870-1874. doi: 10.1093/molbev/msw054
  14. Kvist S. 2013. Barcoding in the dark? A critical view of the sufficiency of zoological DNA barcoding databases and a plea for broader integration of taxonomic knowledge. Molecular Phylogenetics and Evolution 69(1): 39-45. doi: 10.1016/j.ympev.2013.05.012
  15. Leray M., Yang J.Y., Meyer C.P. et al. 2013. A new versatile primer set targeting a short fragment of the mitochondrial COI region for metabarcoding metazoan diversity: application for characterizing coral reef fish gut contents. Frontiers in Zoology 10(34): 1-13. doi: 10.1186/1742-9994-10-34
  16. Le S.Q., Gascuel O. 2008. An improved general amino acid replacement matrix. Molecular Biology and Evolution 25 (7): 1307-1320. doi: 10.1093/molbev/msn067
  17. Mason J.C., Machidori S. 1976. Populations of sympatric sculpins, Cottus aleuticus and Cottus asper, in four adjacent salmon-producing coastal streams on Vancouver Island, B.C. U.S. Fishery Bulletin 74 (1): 131-141.
  18. McSorley R. 2003. Adaptations of nematodes to environmental extremes. Florida Entomologist 86(2): 138-142. doi: 10.1653/0015-4040(2003)086[0138:AONTEE]2.0.CO;2
  19. Mejía-Madrid H.H., Choudhury A., de León G.P. 2007. Phylogeny and biogeography of Rhabdochona Railliet, 1916 (Nematoda: Rhabdochonidae) species from the Americas. Systematic Parasitology 67(1): 1-18. doi: 10.1007/s11230-006-9065-3
  20. Mkandawire T.T., Grencis R.K., Berriman M. et al. 2022. Hatching of parasitic nematode eggs: a crucial step determining infection. Trends in Parasitology 38(2): 174-187. doi: 10.1016/j.pt.2021.08.008
  21. Moravec F., Muzzall P. 2007. Redescription of Rhabdochona cotti (Nematoda, Rhabdochonidae) from Cottus caeruleomentum (Teleostei, Cottidae) in Maryland, USA, with remarks on the taxonomy of North American Rhabdochona spp. Acta Parasitologica 52: 51-57. doi: 10.2478/s11686-006-0049-x
  22. Moravec F., Nagasawa K. 2018. Rhabdochona angusticaudata sp. n. (Nematoda: Rhabdochonidae) from the Japanese eel Anguilla japonica, and new records of some other nematodes from inland fishes in Japan. Folia Parasitologica 65: 016. doi: 10.14411/fp.2018.016
  23. Moravec F., Nagasawa K. 2021. Some spirurid nematodes (Spirurida) from freshwater and brackish-water fishes in Okinawa Prefecture, Japan, with descriptions of two new species. Acta Parasitologica 66: 163-177. doi: 10.1007/s11686-020-00268-1
  24. Moravec F., Scholz T. 1995. Life history of the nematode Rhabdochona hellichi, a parasite of the barbel in the Jihlava River, Czech Republic. Journal of Helminthology 69(1): 59-64. doi: 10.1017/S0022149X00013845
  25. Moravec F. 1972. General characterization of the nematode genus Rhabdochona with a revision of the South American species. Acta Societatis Zoologicae Bohemoslovacae 36: 29-46.
  26. Moravec F. 1994. Parasitic nematodes of freshwater fish of Europe. Praha: Academia.
  27. Moravec F. 1995. Trichopteran larvae (Insecta) as the intermediate hosts of Rhabdochona hellichi (Nematoda: Rhabdochonidae), a parasite of Barbus barbus (Pisces). Parasitology Research 81(3): 268-270. doi: 10.1007/BF00937122
  28. Moravec F. 2010. Some aspects of the taxonomy, biology, possible evolution and biogeography of nematodes of the spirurine genus Rhabdochona Railliet, 1916 (Rhabdochonidae, Thelazioidea). Acta Parasitologica 55: 144-160. doi: 10.2478/s11686-010-0017-3
  29. Nei M., Kumar S. 2000. Molecular evolution and phylogenetics. New York: Oxford University Press.
  30. Nemys eds. 2024. Nemys: World Database of Nematodes. Accessed at URL: https://nemys.ugent.be on 2024-08-08. doi: 10.14284/366
  31. Nurk S., Meleshko D., Korobeynikov A. et al. 2017. metaSPAdes: a new versatile metagenomic assembler. Genome research 27(5): 824-834. doi: 10.1101/gr.213959.116
  32. Rusch J.C., Hansen H., Strand D.A. et al. 2018. Catching the fish with the worm: a case study on eDNA detection of the monogenean parasite Gyrodactylus salaris and two of its hosts, Atlantic salmon (Salmo salar) and rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). Parasites & Vectors 11: 1-12. doi: 10.1186/s13071-018-2916-3
  33. Sakaguchi S.O., Shimamura S., Shimizu Y. et al. 2017. Comparison of morphological and DNA-based techniques for stomach content analyses in juvenile chum salmon Oncorhynchus keta: A case study on diet richness of juvenile fishes. Fisheries Science 83: 47-56. doi: 10.1007/s12562-016-1040-6
  34. Saraiva A.M., Pereira A., Cruz C. 2002. Observations on the occurrence and maturation of Rhabdochona anguillae (Nematoda: Rhabdochonidae) in the Sousa River, Portugal. Helminthologia 39: 41-43.
  35. Scott W.B., Crossman E.J. 1973. Freshwater fishes of Canada. Bulletin Fisheries Research Board of Canada 184: 1-966.
  36. Siddall M.E., Kvist S., Phillips A. et al. 2012. DNA Barcoding of Parasitic Nematodes: Is it Kosher? Journal of Parasitology 98(3): 692-694. doi: 10.1645/GE-2994.1
  37. Tamura K., Nei M. 1993. Estimation of the number of nucleotide substitutions in the control region of mitochondrial DNA in humans and chimpanzees. Molecular Biology and Evolution 10: 512-526.
  38. Trujillo-González A., Edmunds R.C., Becker J.A. et al. 2019. Parasite detection in the ornamental fish trade using environmental DNA. Scientific Reports 9: 5173. doi: 10.1038/s41598-019-41517-2
  39. Villsen K., Corse E., Archambaud-Suard G. et al. 2022. Diet metabarcoding reveals extensive dietary overlap between two benthic stream fishes (Zingel asper and Cottus gobio) and provides insights into their coexistence. Diversity 14(5): 412. doi: 10.3390/d14050412
  40. Yoon T.-H., Kang H.-E., Lee S.R. et al. 2017. Metabarcoding analysis of the stomach contents of the Antarctic Toothfish (Dissostichus mawsoni) collected in the Antarctic Ocean. PeerJ 5: e3977. doi: 10.7717/peerj.3977
  41. Акрамова Ф.Д., Азимов Д.А., Шакарбоев Э.Б. и др. 2019. Эколого-фаунистический анализ нематод отряда Spirurida – паразитов животных Узбекистана. Российский паразитологический журнал 13(3): 11-24. doi: 10.31016/1998-8435-2019-13-3-11-24
  42. Базикалова А.Я., Калинникова Т.Н., Михин В.С. 1937. Материалы к познанию бычков Байкала. Труды Байкальской лимнологической станции 7(2): 209-213.
  43. Богданов Б.Э. 2017. Обзор широколобок рода Limnocottus (Pisces; Cottidae): номенклатура, фенетические отношения и диагностические признаки. Байкальский Зоологический Журнал 2(21): 46-55.
  44. Богданов Б.Э. 2023. Коттоидные рыбы (Perciformes: Cottidae) Байкала и Байкальского региона: обновлённый аннотированный список с описанием новых таксонов. Limnology and Freshwater Biology 3: 63-95. doi: 10.31951/2658-3518-2023-A-3-63
  45. Деникина Н.Н., Кулакова Н.В., Букин Ю.С. и др. 2023. Первое обнаружение ДНК Caryophyllaeus laticeps (Pallas, 1781) у верховки Leucaspius delineatus (Heckel, 1843). Limnology and Freshwater Biology 1: 6-10. doi: 10.31951/2658-3518-2023-A-1-1
  46. Деникина Н.Н., Кулакова Н.В., Букин Ю.С. и др. 2023. Филогенетический анализ кокцидий (Apicomplexa: Eimeriorina) у обыкновенной верховки Leucaspius delineatus (Heckel, 1843). Limnology and Freshwater Biology 4: 104-118. doi: 10.31951/2658-3518-2023-A-4-104
  47. Дзюба Е.В., Букин Ю.С., Ханаев И.В. и др. 2024. Первое обнаружение ДНК кокцидий (Conoidasida: Eimeriidae) у широколобки Годлевского Abyssocottus (Limnocottus) godlewskii (Dybowski, 1874). Limnology and Freshwater Bio-logy 5: 1206-1218. doi: 10.31951/2658-3518-2024-A-5-1206
  48. Клюге Н.Ю. 2009. Поденки (Ephemeroptera) бассейна озера Байкал В книге: Тимошкин О.А. (Ред.), Аннотированный список фауны озера Байкал и его водосборного бассейна. Новосибирск: Наука.
  49. Книжин И.Б., Вайс С.Дж., Сушник С. 2006. Хариусы бассейна озера Байкал (Thymallus, Thymallidae): разнообразие форм и их таксономический статус. Вопросы ихтиологии 46(4): 442-459.
  50. Колесов Н.А. 2018. Биология Сибирского хариуса Thymallus arcticus бассейна реки Томь. Вестник КемГУ: Серия: Биологические, технические науки и науки о Земле 1: 27-31.
  51. Нажмиддинов Э.Х., Кучбоев А.Э., Мухаммадиев М.А. и др. 2021. Эколого-морфологические характеристики нематод рода Rhabdochona - паразитов обыкновенной маринки. Теория и практика борьбы с паразитарными болезнями 22: 387-393. doi: 10.31016/978-5-6046256-1-3.2021.22.387-393
  52. Попов П.А., Попов В.А. 2015. К экологии сибирского ельца. Мир науки, культуры, образования 1(50): 403-406.
  53. Пугачев О.Н. 2004. Каталог паразитов пресноводных рыб Северной Азии. Нематоды, скребни, пиявки, моллюски, ракообразные, клещи. Санкт-Петербург: Труды ЗИН РАН.
  54. Ринчинов З.А., Балданова Д.Р., Хамнуева Т.Р. и др. 2017. Зараженность нематодами желтокрылки и песчаной широколобки в оз. Байкал. Вестник Бурятского Государственного Университета. Биология, география 3: 143-147.
  55. Рожкова Н.А., Базова Н.В., Багранина И.О. 2020. Новые данные о фауне и распространении ручейников (Trichoptera) притоков озера Байкал. Евразиатский энтомологический журнал 19(6): 347-355. doi: 10.15298/euroasentj.19.6.09
  56. Сиделева В.Г., Механикова И.В. 1990. Пищевая специализация и эволюция керчаковых рыб (Cottoidei) озера Байкал. Труды Зоологического института АН СССР 222: 144-161.
  57. Талиев Д.Н. 1955. Бычки-подкаменщики Байкала (Cottoidei). Москва – Ленинград: Наука.
  58. Тесленко В.А., Тиунова Т.М., Михеев П.Б. и др. 2011. Питание нижнеамурского хариуса Thymallus tugarinae (Thymallidae) в р. Лимури (Нижний Амур). Вестник СВНЦ ДВО РАН 3: 51-58.
  59. Тугарина П.Я., Купчинская Е.С. 1977. Питание и пищевые взаимоотношения рыб Байкало-Ангарского бассейна. Новосибирск: Наука.
  60. Тугарина П.Я. 1981. Хариусы Байкала. Новосибирск: Наука.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Дзюба Е.В., Букин Ю.С., Ханаев И.В., Богданов Б.Э., Яхненко А.С., Сапожникова Ю.П., Деникина Н.Н., 2025

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».