В работе представлены результаты изучения взаимосвязей показателей селекционного контроля качества молока, отражающих интенсивность, сбалансированность обменных процессов и здоровье вымени с молочной продуктивностью коров холмогорской породы в условиях Архангельской области. У животных, при одинаковых условиях кормления и содержания, в ежемесячных пробах молока (n = 3861), взятых в течение 2024 года, проанализировано содержание массовой доли жира, белка, лактозы, сухого вещества, сухого обезжиренного молочного остатка, величина точки замерзания и количество соматических клеток. Учитывая, что значительное повышение функциональной активности молочных желез во время лактации коров повышает риск развития в них воспалительных процессов, нарушающих секрецию молока, были установлены пороговые значения количества соматических клеток, сопровождающие достоверные изменения в содержании качественных показателей молока. Уже при 100–300 тыс./мл (167,85 ± 2,27 тыс./мл) отмечены снижение уровня лактозы (p < 0,001) и сухого обезжиренного молочного остатка (p < 0,05), повышение массовой доли белка (p < 0,001), массовой доли жира (p < 0,05) и снижение суточного удоя на 2,56 кг (p < 0,001) – 9,54%. Значения соотношений исследуемых показателей подтверждают изменения в функциональной активности молочных желез. Выявленные достоверные перемены качественных показателей и их соотношений в молоке коров холмогорской породы при пороговых значениях количества соматических клеток могут выступать дополнительным маркерами в диагностике скрытой субклинической формы мастита, что важно для своевременного контроля и восстановления здоровья молочных коров.