Диагностическое значение микробиоты кишечника как одного из ведущих факторов в развитии язвенного колита на фоне сахарного диабета 2-го типа
- Авторы: Лагутина С.Н.1, Пашкова А.А.1, Дудурич В.В.2, Данилов Л.Г.2,3, Ермаченко Е.Д.2
-
Учреждения:
- ФГБОУ ВО «Воронежский государственный медицинский университет им. Н.Н. Бурденко» Минздрава России
- ООО «Сербалаб»
- ФГБОУ ВО «Санкт-Петербургский государственный университет»
- Выпуск: Том 10, № 3 (2024)
- Страницы: 7-18
- Раздел: ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
- URL: https://journals.rcsi.science/2412-4036/article/view/259239
- DOI: https://doi.org/10.18565/therapy.2024.3.7-18
- ID: 259239
Цитировать
Аннотация
Частота встречаемости язвенного колита (ЯК) в структуре гастроэнтерологической патологии неуклонно растет. Наличие коморбидных состояний, в том числе сахарного диабета 2-го типа (СД 2), способствует развитию осложненных форм ЯК. Прогрессирующее течение, резистентность к основным группам лекарственных средств ведут к инвалидизации трудоспособного населения. Поиск новых диагностических маркеров может способствовать своевременному началу терапии, что сократит сроки наступления клинической и эндоскопической ремиссии.
Цель – оценить биоразнообразие микробиоты кишечника у пациентов с ЯК и СД 2.
Материал и методы. Проводилось 16S рРНК секвенирование микробиоты кишечника у 100 пациентов (80 – пациенты с ЯК и СД 2, 20 – пациенты с ЯК, 20 – соматически здоровые пациенты). Диагноз ЯК верифицировался с помощью лабораторных и инструментальных методов исследования. Средний возраст обследуемых групп пациентов составил 50,1 ± 8,3 года.
Результаты. В исследуемой группе преобладали пациенты с ЯК легкой степени тяжести. При оценке кишечной микробиоты у пациентов с ЯК и СД 2 выявлено достоверно значимое увеличение количественного содержания родов бактерий, участвующих в углеводном обмене (Akkermansia, Dorea, Collinsella, Lachnospira). Отмечена взаимосвязь между представителями метан-продуцентов и наличием воспалительного процесса при ЯК, увеличение условно-патогенного и патогенного кластера.
Заключение. У пациентов с ЯК установлено увеличение количества представителей Firmicutes по сравнению с группой контроля. При этом возрастание значений численности метан-продуцирующих бактерий может являться одним из неинвазивных критериев оценки тяжести ЯК на фоне СД 2. Полученные сведения, указывающие на новые потенциальные механизмы развития ЯК, могут послужить основой для усовершенствования диагностики и лечения этой патологии при наличии коморбидных состояний.
Полный текст
Открыть статью на сайте журналаОб авторах
Светлана Николаевна Лагутина
ФГБОУ ВО «Воронежский государственный медицинский университет им. Н.Н. Бурденко» Минздрава России
Автор, ответственный за переписку.
Email: svlagutina97@mail.ru
ORCID iD: 0000-0003-3730-5265
ассистент кафедры поликлинической терапии
Россия, ВоронежАнна Александровна Пашкова
ФГБОУ ВО «Воронежский государственный медицинский университет им. Н.Н. Бурденко» Минздрава России
Email: zuikova-therapia@vrngmu.ru
ORCID iD: 0000-0002-5378-4959
д. м. н., профессор, заведующая кафедрой поликлинической терапии
Россия, ВоронежВасилиса Валерьевна Дудурич
ООО «Сербалаб»
Email: vasilisadudurich@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-6271-5218
научный сотрудник мегафакультета «Наука о жизни» Университета ИТМО, руководитель отдела метагеномных исследований генетической лаборатории
Россия, г. Санкт-ПетербургЛаврентий Глебович Данилов
ООО «Сербалаб»; ФГБОУ ВО «Санкт-Петербургский государственный университет»
Email: lavrentydanilov@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-4479-3095
руководитель отдела «Биоинформатика» лаборатории
Россия, г. Санкт-Петербург; г. Санкт-ПетербургЕкатерина Дмитриевна Ермаченко
ООО «Сербалаб»
Email: ermachenkoed@mail.ru
руководитель группы разработки лаборатории ПЦР, старший биотехнолог лаборатории
Россия, г. Санкт-ПетербургСписок литературы
- Тикунов А.Ю., Морозов В.В., Швалов А.Н. с соавт. Изменение кишечного микробиома пациентов с язвенным колитом после трансплантации кишечной микробиоты. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2020; 24(2): 168–175. [Tikunov A.Y., Morozov V.V., Shvalov A.N. et al. Fecal microbiome change in patients with ulcerative colitis after fecal microbiota transplantation. Vavilovskiy zhurnal genetiki i selektsii = Vavilov Journal of Selection Genetics. 2020; 24(2): 168–175 (In Russ.)]. https://doi.org/10.18699/VJ20.610. EDN: LDIGAJ.
- Ситкин С.И., Вахитов Т.Я., Ткаченко Е.И. с соавт. Микробиота кишечника при язвенном колите и целиакии. Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология. 2017; (1): 8–30. [Sitkin S.I., Vakhitov T.Ya., Tkachenko E.I. et al. Gut microbiota in ulcerative colitis and celiac disease. Eksperimentalnaya i klinicheskaya gastroenterologiya = Experimental and Clinical Gastroenterology. 2017; (1): 8–30 (In Russ.)]. EDN: ZFVTVN.
- Лагутина С.Н., Зуйкова А.А. Особенности биоразнообразия кишечной микробиоты у пациентов с воспалительными заболеваниями кишечника и метаболическими нарушениями (обзор литературы). Сибирский журнал клинической и экспериментальной медицины. 2023; 38(2): 57–63. [Lagutina S.N., Zuikova A.A. Features of intestinal microbiota biodiversity in patients with inflammatory intestinal diseases and metabolic disorders (literature review). Sibirskiy zhurnal klinicheskoy i eksperimentalnoy meditsiny = The Siberian Journal of Clinical and Experimental Medicine. 2023; 38(2): 57–63 (In Russ.)]. https://doi.org/10.29001/2073-8552-2023-38-2-57-63. EDN: NERIZC.
- Купаева В.А., Лоранская И.Д., Болдырева М.Н. Профиль пристеночного и полостного микробиома кишечника пациентов с язвенным колитом. Клиническая фармакология и терапия. 2020; 29(3): 49–54. [Kupaeva V.A., Loranskaya I.D., Boldyreva M.N. Intestinal and fecal microbiome in patients with ulcerative colitis. Klinicheskaya farmakologiya i terapiya = Clinical Pharmacology and Therapy. 2020; 29(3): 49–54 (In Russ.)]. https://doi.org/10.32756/0869-5490-2020-3-49-54. EDN: FYENHN.
- Ghavami S.B., Rostami E., Sephay A.A. et al. Alterations of the human gut Methanobrevibacter smithii as a biomarker for inflammatory bowel diseases. Microb Pathog. 2018; 117: 285–89. https://doi.org/10.1016/j.micpath.2018.01.029. PMID: 29477743.
- Zheng M., Han R., Yuan Y. et al. The role of Akkermansia muciniphila in inflammatory bowel disease: Current knowledge and perspectives. Front Immunol. 2023; 13: 1089600. https://doi.org/10.3389/fimmu.2022.1089600. PMID: 36685588. PMCID: PMC9853388.
- Данилова Н.А., Абдулхаков С.Р., Григорьева Т.В. с соавт. Маркеры дисбиоза у пациентов с язвенным колитом и болезнью Крона. Терапевтический архив. 2019; 91(4): 13–20. [Danilova N.A., Abdulkhakov S.R., Grigoryeva T.V. et al. Markers of dysbiosis in patients with ulcerative colitis and Crohn’s disease. Terapevticheskiy arkhiv = Therapeutic Archive. 2019; 91(4): 13–20 (In Russ.)]. https://doi.org/10.26442/00403660.2019.04.000211. EDN: ZERHUD.
- Лазебник Л.Б., Конев Ю.В. Новое понимание роли микробиоты в патогенезе метаболического синдрома. Consilium Medicum. 2014; 16(8): 77–82. [Lazebnik L.B., Konev Yu.V. New understanding of the role of microbiota in the pathogenesis of metabolic syndrome. Consilium Medicum. 2014; 16(8): 77–82 (In Russ.)]. EDN: SNHVPP.
- Бикбавова Г.Р., Ливзан М.А. Системное воспаление и кардиоваскулярные риски у больных воспалительными заболеваниями кишечника: что необходимо учитывать? Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология. 2021; (6): 112–120. [BIkbavova G.R., Livzan M.A. Cardiovascular risks in patients with inflammatory bowel disease: What should be taken into account? Eksperimentalnaya i klinicheskaya gastroenterologiya = Experimental and Clinical Gastroenterology. 2021; (6): 112–120 (In Russ.)]. https://doi.org/10.31146/1682-8658-ecg-190-6-112-120. EDN: LILMEV.
- Баранцевич Н.Е., Конради А.О., Баранцевич Е.П. Артериальная гипертензия: роль микробиоты кишечника. Артериальная гипертензия. 2019; 25(5): 460–66. [Barantsevich N.E., Konradi A.O., Barantsevich E.P. Arterial hypertension: The role of gut microbiota. Arterial’naya gipertenziya = Arterial Hypertension. 2019; 25(5): 460–66 (In Russ.)]. https://doi.org/10.18705/1607-419X-2019-25-5-460-466. EDN: DTOCTL.
- Callahan B.J., McMurdie P.J., Rosen M.J. et al. DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data. Nat Methods. 2016; 13(7): 581–83. https://doi.org/10.1038/nmeth.3869. PMID: 27214047. PMCID: PMC4927377.
- Richterich P. Estimation of errors in “raw” DNA sequences: A validation study. Genome Res. 1998; 8(3): 251–59. https://doi.org/10.1101/gr.8.3.251. PMID: 9521928. PMCID: PMC310698.
- Qiong W., Garrity M.G., Tiedje M.J., Cole R.J. Naive Bayesian classifier for rapid assignment of rRNA sequences into the new bacterial taxonomy. Appl Environ Microbiol. 2007; 73(16): 5261–67. https://doi.org/10.1128/AEM.00062-07. PMID: 17586664. PMCID: PMC1950982.
- Quast C., Pruesse E., Yilmaz P. et al. The SILVA ribosomal RNA gene database project: Improved data processing and web-based tools. Nucleic Acids Res. 2013; 41(Database issue): D590–6. https://doi.org/10.1093/nar/gks1219. PMID: 23193283. PMCID: PMC3531112.
- Love C.J., Gubert C., Kodikara S. et al. Microbiota DNA isolation, 16S rRNA amplicon sequencing, and bioinformatic analysis for bacterial microbiome profiling of rodent fecal samples. STAR Protoc. 2022; 3(4): 101772. https://doi.org/10.1016/j.xpro.2022.101772. PMID: 36313541. PMCID: PMC9597187.
- Wickham H. ggplot2: Elegant graphics for data analysis. J Stat Softw. 2010; 35(1): 65–88. ISSN: 2197-5744 (electronic). https://doi.org/10.1007/978-3-319-24277-4.
- Heinken A., Hertel J., Thiele I. Metabolic modelling reveals broad changes in gut microbial metabolism in inflammatory bowel disease patients with dysbiosis. NPJ Syst Biol Appl. 2021; 7(1): 19. https://doi.org/10.1038/s41540-021-00178-6. PMID: 33958598. PMCID: PMC8102608.
- Lupp C., Robertson M.L., Wickham M.E. et al. Host-mediated inflammation disrupts the intestinal microbiota and promotes the overgrowth of Enterobacteriaceae. Cell Host Microbe. 2007; 2(3): 204. https://doi.org/10.1016/j.chom.2007.08.002. PMID: 18030708.
- Ohkusa T., Nishikawa Y., Sato N. Gastrointestinal disorders and intestinal bacteria: Advances in research and applications in therapy. Front Med (Lausanne). 2023; 9: 935676. https://doi.org/10.3389/fmed.2022.935676. PMID: 36825261. PMCID: PMC9941163.
- Frost F., Storck L.J., Kacprowski T. et al. A structured weight loss program increases gut microbiota phylogenetic diversity and reduces levels of Collinsella in obese type 2 diabetics: A pilot study. PLoS One. 2019; 14(7): e0219489.
- Ситкин С.И., Вахитов Т.Я., Демьянова Е.В. Микробиом, дисбиоз толстой кишки и воспалительные заболевания кишечника: когда функция важнее таксономии. Альманах клинической медицины. 2018; 46(5): 396–425. [Sitkin S.I., Vakhitov T.Ya., Demyanova E.V. Microbiome, gut dysbiosis and inflammatory bowel disease: That moment when the function is more important than taxonomy. Al’manakh klinicheskoy meditsiny = Almanac of Clinical Medicine. 2018; 46(5): 396–425 (In Russ.)]. EDN: YNLTYL. https://doi.org/10.18786/2072-0505-2018-46-5-396-425.
- Карпунина Т.И., Галимзянова А.А., Карпунина Н.С., Годовалов А.П. Взаимодействие микробиоты кишечника с организмом хозяина в состоянии эубиоза и дисбиоза. Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология. 2023; 214(6): 105–112. [Karpunina T.I., Galimzyanova A.A., Karpunina N.S., Godovalov A.P. “Host-gut microbiota” interactions in a case of eubiosis and dysbiosis. Eksperimentalnaya i klinicheskaya gastroenterologiya = Experimental and Clinical Gastroenterology. 2023; 214(6): 105–112 (In Russ.)]. https://doi.org/10.31146/1682-8658-ecg-214-6-105-112. EDN: JQXMYU.
- Seo M., Heo J., Yoon J. et al. Methanobrevibacter attenuation via probiotic intervention reduces flatulence in adult human: A non-randomised paired-design clinical trial of efficacy. PLoS One. 2017; 12(9): e0184547. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0184547. PMID: 28937980. PMCID: PMC5609747.
- Ghavami S.B., Rostami E., Sephay A.A. et al. Alterations of the human gut Methanobrevibacter smithii as a biomarker for inflammatory bowel diseases. Microb Pathog. 2018; 117: 285–89. https://doi.org/10.1016/j.micpath.2018.01.029. PMID: 29477743.
- Белоусова Е.А., Абдулганиева Д.И., Алексеева О.П. с соавт. Социально-демографическая характеристика, особенности течения и варианты лечения воспалительных заболеваний кишечника в России. Результаты двух многоцентровых исследований. Альманах клинической медицины. 2018; 46(5): 445–463. [Belousova E.A., Abdulganieva D.I., Alexeeva O.P. et al. Social and demographic characteristics, features of disease course and treatment options of inflammatory bowel disease in Russia: Results of two multicenter studies. Al’manakh klinicheskoy meditsiny = Almanac of Clinical Medicine. 2018; 46(5): 445–463 (In Russ.)]. https://doi.org/10.18786/20720505-2018-46-5-445-463. EDN: YNLTZB.
- Zhang L., Chu J., Hao W. et al. Gut microbiota and type 2 diabetes mellitus: Association, mechanism, and translational applications. Mediators Inflamm. 2021; 2021: 5110276. https://doi.org/10.1155/2021/5110276. PMID: 34447287. PMCID: PMC8384524.
- Maskarinec G., Raquinio P., Kristal B.S. et al. The gut microbiome and type 2 diabetes status in the Multiethnic Cohort. PLoS One. 2021; 16(6): e0250855. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0250855. PMID: 34161346. PMCID: PMC8221508.