Y-хромосомные предки: к проблеме генетико-генеалогической номинации

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

В статье рассматривается проблема номинации патрилинейных сопредков, определяемых на основе полногеномного секвенирования мужской половой Y-хромосомы. В результате выявления необратимых мутаций (однонуклеотидных полиморфизмов) становится возможным именование наших далёких пращуров с помощью индексов SNP-маркеров. Ранее обосновав метод «снипования как именования», мы увеличили номинативную ретроспективу по реконструкции филогенетических и генеалогических линий. Благодаря использованию индексальных имён Y-хромосомных мутаций удалось косвенным способом восполнить имена собственные тех сопредков, которые жили ранее сохранившегося архивно-документального фонда генеалогических источников. Речь идёт об ономафикации как процессе воскрешения имён предков, чьи генетические следы возникли в наших Y-хромосомах в виде снип-мутаций, по сути атрибутируя конкретного мужского прародителя, у которого впервые случился необратимый нейтральный ОНП. Молекула ДНК подобно биологическому документу содержит информацию о нашем происхождении на сотни тысяч лет вглубь, являясь генетическим кладбищем удачливых пращуров. Чем больше человеческих Y-хромосом будет секвенировано, тем больше имён собственных мужских предков будет реконструировано на Y-гаплодреве. Несмотря на то обстоятельство, что номенклатура SNPs постоянно меняется, в том числе за счёт синонимизации обозначений в зависимости от разработчиков и лабораторий, непреложным остаётся факт номинативной реконструкции наших филогенетических сопредков посредством масштабного полногеномного секвенирования. На примере генетико-генеалогической (генетеалогической) реконструкции патрилинии автора показаны перспективы комплексного (междисциплинарного) исследования человеческого патрилинейного родства.

Об авторах

Алексей Сергеевич Нилогов

Email: nilogov1981@yandex.ru
независимый исследователь

Список литературы

  1. Докинз Р. Рассказ предка. Паломничество к источкам жизни / Пер. с англ. С. Долотовской. М., 2021. 768 с.
  2. Докинз Р. Перерастая Бога. Пособие для начинающих / Пер. с англ. А. Гопко. М., 2022. 256 с.
  3. Докинз Р. Река, выходящая из Эдема. Жизнь с точки зрения дарвиниста / Пер. с англ. А. Гопко. М., 2020. 224 с.
  4. Сайкс Б. Адамово проклятие. Мужчинам грозит медленное и неизбежное вымирание / Пер. с англ. Е. Я. Мигуновой. М., 2009.
  5. Сайкс Б. Расшифрованный код Ледового человека: От кого мы произошли, или Семь дочерей Евы / Пер. с англ. Е. Я. Мигуновой. М., 2005. 304 с.
  6. Винарский М. В. Евангелие от LUCA. В поисках родословной животного мира. М., 2021. 352 с.
  7. Пэабо С. Неандерталец. В поисках исчезнувших геномов / Пер. с англ. Е. Наймарк. М., 2018. 416 с.
  8. Шубин Н. Внутренняя рыба. История человеческого тела с древнейших времён до наших дней / Пер. с англ. П. Петрова. М., 2021. 304 с.
  9. Кукушкин Н. В. Хлопок одной ладонью. Как неживая природа породила человеческий разум. М., 2021. 542 с.
  10. Ястребов С. А. От атомов к древу. Введение в современную науку о жизни. М., 2018. 704 с.
  11. Дарвин Ч. Р. Происхождение видов путём естественного отбора, или Сохранение благоприятных рас в борьбе за жизнь / Пер. с англ. К. А. Тимирязева, М. А. Мензбира, А. П. Павлова, И. А. Петровского. М., 2020. 592 с.
  12. Клёсов А. А. ДНК-генеалогия от А до Т. М., 2016. 480 с.
  13. What is YFull's age estimation methodology? / YFull: FAQ. [Эл. ресурс]. URL: https://www.yfull.com/faq/what-yfulls-age-estimation-methodology/ (Дата обращ. 01.07.2023).
  14. Харьков В. Н. Маркеры Y-хромосомы в популяционной генетике: фундаментальные и прикладные результаты этногеномных исследований // Генетика. 2021. Т. 57. № 9. С. 981–994. URL: https://elibrary.ru/item.asp?id=46350988 (Дата обращ. 01.07.2023).
  15. Homo sapiens isolate NA24385 chromosome Y / GenBank. [Эл. ресурс]. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CP086569.2 (Дата обращ. 01.07.2023).
  16. Деревянко А. П. Исследование палеолита Сибири // Археология, этнография и антропология Евразии. 2023. Т. 51. № 1. С. 3–17.
  17. Уэйд Н. На заре человечества. Неизвестная история наших предков / Пер. с англ. Н. Мезин. М., 2022. 408 с.
  18. Шрёдингер Э. Что такое жизнь? / Пер. с англ. К. С. Егоровой. М., 2019. 288 с.
  19. Пряхин В. Ф. Бессмертие – мировоззрение XXI века. М., 2018. 268 с.
  20. Гриббин Д., Гриббин М. Происхождение эволюции: идея естественного отбора до и после Дарвина. М., 2022.
  21. Y-chromosomal Adam / Wikipedia. [Эл. ресурс]. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Y-chromosomal_Adam (Дата обращ. 01.07.2023).
  22. Ближайший общий предок / Википедия. [Эл. ресурс]. URL: https://ru.wikipedia.org/wiki/Ближайший_общий_предок (Дата обращ. 01.07.2023).
  23. Естественнонаучные предметы. Практическая молекулярная генетика для начинающих: 8–9 классы / Уч. пос. под ред. П. М. Бородина и Е. Н. Ворониной. 2-е изд., стер. М., 2022. 272 с.
  24. Человек прямоходящий / Википедия. [Эл. ресурс]. URL: https://ru.wikipedia.org/wiki/Человек_прямоходящий (Дата обращ. 01.07.2023).
  25. Клёсов А. А. Народы России. ДНК-генеалогия. СПб., 2021. 784 с.
  26. GeneticHomeland.com / Brad Larkin. [Эл. ресурс]. URL: https://www.genetichomeland.com, https://www.genetichomeland.com/welcome/dnapedigree.asp (Дата обращ. 01.07.2023).
  27. International Society of Genetic Genealogy (ISOGG). [Эл. ресурс]. URL: https://isogg.org/tree/, https://isogg.org/tree/ISOGG_YDNATreeTrunk.html (Дата обращ. 01.07.2023).
  28. Y-хромосомный Адам / Википедия. [Эл. ресурс]. URL: https://ru.wikipedia.org/wiki/ Y-хромосомный_Адам (Дата обращ. 01.07.2023).
  29. Petr M., Hajdinjak M., Fu Q., Essel E., Rougier H., Crevecoeur I., Semal P., Golovanova L. V., Doronichev V. B., Lalueza-Fox C., de la Rasilla M., Rosas A., Shunkov M. V., Kozlikin M. B., Derevianko A. P., Vernot B., Meyer M., Kelso J.. The evolutionary history of Neandertal and Denisovan Y chromosomes // Science 369 (6511). 25 Sep 2020. P. 1653–1656. URL: https://www.science.org/doi/10.1126/science.abb6460 (Дата обращ. 01.07.2023).
  30. DiscoverTM More (Beta) [Эл. ресурс]. URL: https://discover.familytreedna.com/, https://discover.familytreedna.com/y-dna/R-S26186/notable (Дата обращ. 01.07.2023).
  31. Skov L., Peyrégne S., Popli D., Iasi L. N. M., Devièse T., Slon V., Zavala E. I., Hajdinjak M., Sümer A. P., Grote S., Mesa A. B., Herráez D. L., Nickel B., Nagel S., Richter J., Essel E., Gansauge M., Schmidt A., Korlević P., Comeskey D., Derevianko A. P., Kharevich A., Markin S. V., Talamo S., Douka K., Krajcarz M. T., Roberts R. G., Higham T., Viola B., Krivoshapkin A. I., Kolobova K. A., Kelso J., Meyer M., Pääbo S., Peter B. M. Genetic insights into the social organization of Neanderthals // Nature. V. 610. 20 October 2022. P. 519–525. URL: https://www.nature.com/articles/s41586-022-05283-y (Дата обращ. 01.07.2023).
  32. YFull.com. [Эл. ресурс]. URL: https://www.yfull.com/ (Дата обращ. 01.07.2023).
  33. Mendez F. L., Poznik G. D., Castellano S., Bustamante C. D. The Divergence of Neandertal and Modern Human Y Chromosomes // The American Journal of Human Genetics. 07 April 2016. V. 98. I. 4. P. 728–734. URL: https://www.cell.com/ajhg/fulltext/S0002-9297(16)30033-7 (Дата обращ. 01.07.2023).
  34. Lowery R. K., Uribe G., Jimenez E. B., Weiss M. A., Herrera K. J., Regueiro M., Herrera R. J. Neanderthal and Denisova genetic affinities with contemporary humans: Introgression versus common ancestral polymorphisms // Gene. 1 November 2013. V. 530. I. 1. P. 83–94. URL: https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0378111913007567?via%3Dihub (Дата обращ. 01.07.2023).
  35. Боринская С. А. Смешение неандертальцев, денисовцев и сапиенсов: спор разгорается с новой силой. [Эл. ресурс]. URL: http://antropogenez.ru/interview/709/ (Дата обращ. 01.07.2023).
  36. Нилогов А. С. Снипование как именование (антиязыковая методология в помощь ДНК-генеалогии) // Litera. 2016. № 1. С. 18–25. [Эл. ресурс]. URL: http://e-notabene.ru/fil/article_17670.html (Дата обращ. 01.07.2023).
  37. Харьков В. Н., Зарубин А. А., Вагайцева К. В., Раджабов М. О., Новикова Л. М., Валихова Л. В., Хитринская И. Ю., Степанов В. А. Y-хромосома как инструмент для ДНК-идентификации и определения популяционный принадлежности // Генетика. 2020. Т. 56. № 9. С. 1065–1074. URL: https://www.elibrary.ru/item.asp?id=43181768 (Дата обращ. 01.07.2023).
  38. Family Tree DNA. [Эл. ресурс]. URL: https://www.familytreedna.com (Дата обращ. 01.07.2023).
  39. Nebula Genomics. [Эл. ресурс]. URL: https://nebula.org/whole-genome-sequencing-dna-test (Дата обращ. 01.07.2023).
  40. YFull YTree. [Эл. ресурс]. URL: https://www.yfull.com/tree, https://www.yfull.com/check-snp (Дата обращ. 01.07.2023).
  41. ISOGG YBrowse / Human Y Chromosome Browser (based on hg38). [Эл. ресурс]. URL: http://ybrowse.org, https://ybrowse.org/gb2/gbrowse_details/chrY?ref=chrY;start=7684315;end=7684315;name=Z93;class=Sequence;feature_id=50189;db_id=chrY%3Adatabase (Дата обращ. 01.07.2023).
  42. Mendez F. L., Krahn T., Schrack B., Krahn A.-M., Veeramah K. R., Woerner A. E., Fomine F. L. M., Bradman N., Thomas M. G., Karafet T. M., Hammer M. F. An African American paternal lineage adds an extremely ancient root to the human Y chromosome phylogenetic tree // The American Journal of Human Genetics. 07 March 2013. V. 92. I. 3. P. 454–459. URL: https://www.cell.com/ajhg/fulltext/S0002-9297(13)00073-6 (Дата обращ. 01.07.2023).
  43. YTree Dnachron. [Эл. ресурс]. URL: https://www.dnachron.com/ytree (Дата обращ. 01.07.2023).
  44. YTree Mofang. [Эл. ресурс]. URL: https://www.23mofang.com/ancestry/ytree/root (Дата обращ. 01.07.2023).
  45. Y-Haplotree FTDNA. [Эл. ресурс]. URL: https//www.familytreedna.com/public/y-dna-haplotree/A (Дата обращ. 01.07.2023).
  46. What is YFull's subclade age methodology? / YFull: FAQ. [Эл. ресурс]. URL: https://www.yfull.com/faq/how-does-yfull-determine-formed-age-tmrca-and-ci/ (Дата обращ. 01.07.2023).
  47. Adamov D., Guryanov V., Karzhavin S., Tagankin V., Urasin V. Defining a New Rate Constant for Y-Chromosome SNPs based on Full Sequencing Data // The Russian Journal of Genetic Genealogy. 2015. Т. 7. № 1. С. 68–89. URL: https://www.researchgate.net/publication/273773255_Defining_a_New_Rate_Constant_for_Y-Chromosome_SNPs_based_on_Full_Sequencing_Data (Дата обращ. 01.07.2023).
  48. Нилогов А. С. Генетико-генеалогическое (генетеалогическое) исследование рода Нилоговых (на материале ДНК аутосом и Y-хромосомы) // Учёные записки Минусинского краеведческого музея им. Н. М. Мартьянова. Вып. № 3. Минусинск, 2021. С. 161–212. URL: https://музей-мартьянова.рф/wp-content/uploads/2022/06/Учёные-записки-2.pdf (Дата обращ. 01.07.2023).
  49. Нилогов А. С. Генетико-генеалогическое (генетеалогическое) исследование рода Нилоговых (на материале ДНК аутосом) // Genesis: исторические исследования. 2023. № 2. С. 113–131. [Эл. ресурс]. URL: http://e-notabene.ru/hr/article_37301.html (Дата обращ. 01.07.2023).
  50. Мартынов М. Е., Нилогов А. С. Косинско-Камское поречье в переписях и ревизиях XVI – XIX вв. Кудымкар, 2012. 252 с.
  51. Нилогов А. С. Откуда есть пошли Нилоговы // Генеалогический вестник. 2012. № 44. С. 27–55.
  52. Нилогов А. С. ДНК-генеалогия на службе у генеалогии // The Russian Journal of Genetic Genealogy (русская версия). 2015. Т. 7. № 2. С. 51–66.
  53. Нилогов А. С. ДНК-генеалогия на службе у генеалогии // Ада чир-суу = Отечество: краеведческий альманах. Сост. М. А. Аева. Вып. 3. Абакан, 2015. С. 78–92. URL: https://nbdrx.ru/pdf/almanac/Ada_Chir-Suu_V-003-2015.pdf (Дата обращ. 01.07.2023).
  54. Нилогов А. С. Генетика как дополнительный инструмент генеалогии // Генеалогический вестник. 2017. № 54. С. 85–91. URL: https://geno.ru/media/files/генеалогический_вестник/гв-54.pdf, https://geno.ru/media/files/генеалогический_вестник/гв-54_статистический_материал_к_статье_а.с._нилогова.pdf (Дата обращ. 01.07.2023).
  55. Нилогов А. С. Семь колен восходящей родословной Алексея Сергеевича Нилогова. Германия: Саарбрюккен, 2017. 388 с. URL: https://yadi.sk/d/xXh9q9fN3Qzczh (Дата обращ. 01.07.2023).
  56. Нилогов А. С. До седьмого колена… Германия: Саарбрюккен, 2019. 356 с. URL: https://yadi.sk/i/rDcUisWcoVQwjw (Дата обращ. 01.07.2023).
  57. Нилогов А. С. До восьмого колена… Германия: Саарбрюккен, 2020. 438 с. URL: https://yadi.sk/d/bB8Pppu8XbdFPw (Дата обращ. 01.07.2023).
  58. Big Y Block Tree / FTDNA. [Эл. ресурс]. URL: https://www.familytreedna.com/my/bigy-blocktree (Дата обращ. 01.07.2023).
  59. Нилогов А.С. Секвенирован первый полный геном жителя Хакасии / Абакан. № 34. 01–07 сентября 2021. С. 19. URL: https://nbdrx.ru/pdf/Abakan/2021/gab2021034.pdf (Дата обращ. 01.07.2023).
  60. Известный учёный из Хакасии расшифровал свой геном в американской лаборатории / Новая Хакасия. 20.12.2021. [Эл. ресурс]. URL: https://newkhakasiya.online/news/2021-12-20/izvestnyy-uchenyy-iz-hakasii-rasshifroval-svoy-genom-v-amerikanskoy-laboratorii-1083322 (Дата обращ. 01.07.2023)

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

Согласие на обработку персональных данных

 

Используя сайт https://journals.rcsi.science, я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных») даю согласие на обработку персональных данных на этом сайте (текст Согласия) и на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика» (текст Согласия).