Однонуклеотидные варианты в генах системы интерферонов у коренных и некоренных жителей Архангельской области

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Обоснование. Помимо климатических и социальных факторов, индивидуальную восприимчивость жителей Севера к инфекционным заболеваниям определяют варианты нуклеотидных последовательностей в генах системы интерферонов. Белковые продукты этих генов участвуют в реализации иммунного ответа.

Цель исследования. Оценить распространённость однонуклеотидных вариантов в генах системы интерферонов (IFNAR1, IFNAR2, IFNGR1, IFNL4 (IL-28B)) у коренных и некоренных жителей Архангельской области.

Методы. Мы провели одномоментное исследование на случайной выборке взрослого населения Архангельска в возрасте от 43 до 74 лет (N=232, доля мужчин — 36,6%). Протокол исследования включал опрос участников и молекулярно-генетический анализ для определения аллелей и генотипов следующих однонуклеотидных вариантов: rs2257167 гена IFNАR1, rs2229207 гена IFNАR2, rs1327474 гена IFNGR1, rs12979860 гена IFNL4 (IL-28B), rs8099917 гена IFNL4 (IL-28B). Оценили соответствие наблюдаемого распределения генотипов в группах коренных и некоренных жителей ожидаемому распределению по закону Харди–Вайнберга и сравнили распределения между группами.

Результаты. Исследуемая группа включала 86 коренных и 146 некоренных жителей Архангельской области. У некоренных жителей распределение генотипов не соответствовало закону Харди–Вайнберга для варианта rs2229207 гена IFNAR2 и rs12979860 гена IFNL4 (IL-28B) из-за повышенного числа гетерозигот. В то же время для варианта rs1327474 гена IFNGR1 число гетерозигот было ниже ожидаемого. Частота аллеля C rs2229207 гена IFNAR2, ассоциированного с риском тяжёлого течения вирусных инфекций, у жителей Архангельской области превышала частоту встречаемости данного аллеля в популяциях Европы и мира. Гомозиготный генотип CC rs2229207 гена IFNAR2 встречался значительно реже среди коренного населения Архангельской области (2,6%) по сравнению с некоренными жителями (11,2%). Среди некоренного населения наблюдали более высокую частоту гетерозиготного генотипа СТ rs1327474 гена IFNGR1.

Заключение. Мы выявили особенности генетической структуры популяции взрослого населения Архангельской области, обусловленные миграцией жителей других регионов на Север. Эти особенности отражают повышенную распространённость генетических маркеров восприимчивости к вирусным инфекциям у некоренного населения Европейского Севера.

Об авторах

Екатерина Анатольевна Кригер

Северный государственный медицинский университет

Автор, ответственный за переписку.
Email: kate-krieger@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-5179-5737
SPIN-код: 2686-7226

канд. мед. наук, Ph.D, доцент

Россия, 163069, Архангельск, пр-т Троицкий, д. 51

Ольга Викторовна Самодова

Северный государственный медицинский университет

Email: ovsamodova@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-6730-6843
SPIN-код: 9113-4496

д-р мед. наук, профессор

Россия, 163069, Архангельск, пр-т Троицкий, д. 51

Наталья Александровна Бебякова

Северный государственный медицинский университет

Email: nbebyakova@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-9346-1898
SPIN-код: 6326-5523

д-р биол. наук, профессор

Россия, 163069, Архангельск, пр-т Троицкий, д. 51

Александр Валерьевич Кудрявцев

Северный государственный медицинский университет

Email: alex.v.kudryavtsev@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-8902-8947
SPIN-код: 9296-2930

Ph.D.

Россия, 163069, Архангельск, пр-т Троицкий, д. 51

Людмила Владиславовна Иванова

Северный государственный медицинский университет

Email: ivanova.liudmila.v@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-7682-4821
SPIN-код: 3609-1254
Россия, 163069, Архангельск, пр-т Троицкий, д. 51

Роман Владимирович Самойликов

Научно-исследовательский институт вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова

Email: roma_sam78@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-6405-1390
SPIN-код: 3373-1321
Россия, Москва

Мария Борисовна Потапова

Научно-исследовательский институт вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова

Email: ptpv.msh@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-9647-1322
SPIN-код: 1066-6146
Россия, Москва

Виктория Константиновна Солнцева

Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова

Email: solntseva_v_k@staff.sechenov.ru
ORCID iD: 0000-0003-3783-9232

канд. мед. наук, доцент

Россия, Москва

Екатерина Андреевна Меремьянина

Научно-исследовательский институт вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова

Email: ekaterina@meremianina.ru
ORCID iD: 0000-0003-4334-1473
SPIN-код: 9721-4839

канд. мед. наук

Россия, Москва

Оксана Анатольевна Свитич

Научно-исследовательский институт вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова; Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова

Email: svitichoa@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-1757-8389
SPIN-код: 8802-5569

д-р мед. наук, профессор, академик РАН

Россия, Москва; Москва

Список литературы

  1. Bezmenova IN. Selection of informative genetic markers for assessment of adaptabilities of northerners: a review. Public Health and Life Environment – PH&LE. 2023;31(1):7-12. doi: 10.35627/2219-5238/2023-31-1-7-12 EDN: GEFVEQ
  2. Gubkina LV, Samodova AV, Dobrodeeva LK. Features of systemic and local immune reactions in the Kola samis and Russians living in the Far North. Transactions of the Kola Science Centre of RAS. Series: Natural Sciences and Humanities, 2024;3(1):131–136. doi: 10.37614/2949-1185.2024.3.1.015 EDN: UFFFGK
  3. Lacoma A, Mateo L, Blanco I, et al. Impact of host genetics and biological response modifiers on respiratory tract infections. Front. Immunol. 2019;10:1013. doi: 10.3389/fimmu.2019.01013
  4. Chen L, Zhang G, Li G, et al. IFNAR gene variants influence gut microbial production of palmitoleic acid and host immune responses to tuberculosis. Nat. Metab. 2022;4(3):359–373. doi: 10.1038/s42255-022-00547-3 EDN: QCWSMM
  5. Krieger EA, Samodova OV, Svitich OA, et al. The impact of polymorphic variants of interferon receptor genes on COVID-19 severity and antibiotic resistance. Russian Journal of Infection and Immunity. 2024;13(6):1027–1039. doi: 10.15789/2220-7619-TIO-17537 EDN: BRMZLE
  6. He XX, Chang Y, Jiang HJ, et al. Persistent effect of IFNAR-1 genetic polymorphism on the long-term pathogenesis of chronic HBV infection. Viral Immunol. 2010;23(3):251-257. doi: 10.1089/vim.2009.0102
  7. Song LeH, Xuan NT, Toan NL, et al. Association of two variants of the interferon-alpha receptor-1 gene with the presentation of hepatitis B virus infection. Eur. Cytokine Network. 2008;19(4):204-210. doi: 10.1684/ecn.2008.0137
  8. Azamor T, Cunha DP, da Silva AMV, et al. Congenital Zika Syndrome is associated with interferon alfa receptor 1. Front. Immunol. 2021;12:764746. doi: 10.3389/fimmu.2021.764746. EDN: WICDBA
  9. Frodsham AJ, Zhang L, Dumpis U, et al. Class II cytokine receptor gene cluster is a major locus for hepatitis B persistence. PNAS. 2006;103(24):9148-9153. doi: 10.1073/pnas.0602800103
  10. Duncan CJA, Mohamad SMB, Young DF, et al. Human IFNAR2 deficiency: lessons for antiviral immunity. Sci. Transl. Med. 2015;7(307):307ra154 doi: 10.1126/scitranslmed.aac4227
  11. Passarelli C, Civino A, Rossi MN, et al. IFNAR2 deficiency causing dysregulation of NK cell functions and presenting with hemophagocytic lymphohistiocytosis. Front. Genet. 2020;11. doi: 10.3389/fgene.2020.00937 EDN: ODTIFC
  12. Duncan CJA, Skouboe MK, Howarth S, et al. Life-threatening viral disease in a novel form of autosomal recessive IFNAR2 deficiency in the Arctic. J. Exp. Med. 2022;219(6). doi: 10.1084/jem.20212427 EDN: WDZOMY
  13. Adi G, Obaid Z, Hafez DH, et al. Severe adverse reaction to Measles Vaccine due to homozygous mutation in the IFNAR2 gene: a case report and literature review. J. Clin. Immunol. 2024;45(1):30. doi: 10.1007/s10875-024-01814-6 EDN: DAIIYI
  14. Krieger EA, Samodova OV, Svitich OA, et al. The impact of interferon receptor gene polymorphisms on humoral immunity to influenza and frequency of acute respiratory viral infections; taking into account vaccination status. Journal Infectology. 2024;16(2):63-74. doi: 10.22625/2072-6732-2024-16-2-63-74 EDN: OTGHVJ
  15. Nhung VP, Ton ND, Ngoc TTB, et al. Host genetic risk factors associated with COVID-19 susceptibility and severity in vietnamese. Genes. 2022;13(10):1884. doi: 10.3390/genes13101884 EDN: TMVJZB
  16. Chen Y, Zeng Y, Wang J, Meng C. Immune and inflammation-related gene polymorphisms and susceptibility to tuberculosis in Southern Xinjiang population: A case-control analysis. Int. J. Immunogenet. 2022;49(2):70-82. doi: 10.1111/iji.12564 EDN: QGQTCU
  17. Agwa SHA, Kamel MM, Elghazaly H, et al. Association between Interferon-Lambda-3 rs12979860, TLL1 rs17047200 and DDR1 rs4618569 variant polymorphisms with the course and outcome of SARS-CoV-2 patients. Genes. 2021;12(6):830. doi: 10.3390/genes12060830 EDN: HBPZQE
  18. Saponi-Cortes JMR, Rivas MD, Calle-Alonso F, et al. IFNL4 genetic variant can predispose to COVID-19. Sci. Rep. 2021;11(1):21185. doi: 10.1038/s41598-021-00747-z EDN: YXQWBQ
  19. Nikolaeva LI, Sapronov GV, D'jachenko VV, et al. Interferon-lambda 3 is involved in the permission of pneumonia development after infection with respiratory viruses including SARS-CoV-2. International Medicine. 2021;3(1):4-9. doi: 10.5455/im.115159 EDN: CDVWBE
  20. Rahimi P, Tarharoudi R, Rahimpour A, et al. The association between interferon lambda 3 and 4 gene single-nucleotide polymorphisms and the recovery of COVID-19 patients. Virol. J. 2021;18(1):221. doi: 10.1186/s12985-021-01692-z EDN: ECCLYQ
  21. Kaczor MP, Seczyńska M, Szczeklik W, Sanak M. IL28B polymorphism (rs12979860) associated with clearance of HCV infection in Poland: systematic review of its prevalence in chronic hepatitis C patients and general population frequency. Pharmacol. Rep. 2015;67(2):260-266. doi: 10.1016/j.pharep.2014.10.006
  22. Zhang Y, Zhu SL, Chen J, Li LQ. Meta-analysis of associations of interleukin-28B polymorphisms rs8099917 and rs12979860 with development of hepatitis virus-related hepatocellular carcinoma. OncoTargets Ther. 2016;9:3249-57. doi: 10.2147/OTT.S104904
  23. Ge D, Fellay J, Thompson AJ, et al. Genetic variation in IL28B predicts hepatitis C treatment-induced viral clearance. Nature. 2009;461(7262):399-401 doi: 10.1038/nature08309
  24. Tanaka Y, Nishida N, Sugiyama M, et la. Genome-wide association of IL28B with response to pegylated interferon-alpha and ribavirin therapy for chronic hepatitis C. Nat. Genet. 2009;41(10):1105-1109. doi: 10.1038/ng.449
  25. Suppiah V, Moldovan M, Ahlenstiel G, et al. IL28B is associated with response to chronic hepatitis C interferon-alpha and ribavirin therapy. Nat. Genet. 2009;41(10):1100-1104. doi: 10.1038/ng.447
  26. Egli A, Santer DM, O'Shea D, et al. IL-28B is a key regulator of B- and T-cell vaccine responses against influenza. PLoS Pathog. 2014;10(12):e1004556. doi: 10.1371/journal.ppat.1004556 EDN: UPTNPR
  27. Matic S, Milovanovic D, Mijailovic Z, et al. IFNL3/4 polymorphisms as a two-edged sword: an association with COVID-19 outcome. J. Med. Virol. 2023;95(2):e28506. doi: 10.1002/jmv.28506 EDN: NHDGPG
  28. Cakal B, Cavus B, Atasoy A, et al. The effects of IL28B rs12979860 and rs8099917 polymorphism on hepatitis B infection. North. Clin. Istanb. 2022;9(5):439-444. doi: 10.14744/nci.2022.37542 EDN: FFZTMF
  29. Cook S, Malyutina S, Kudryavtsev A, et al. Know your heart: Rationale, design and conduct of a cross-sectional study of cardiovascular structure, function and risk factors in 4500 men and women aged 35–69 years from two Russian cities, 2015–18. Wellcome Open Res. 2018;3:67. doi: 10.12688/wellcomeopenres.14619.3 EDN: OMTJSN
  30. Kholmatova KK, Gorbatova MA, Kharkova OA, Grjibovski AM. Cross-sectional studies: planning, sample size, data analysis. Ekologiya cheloveka [Human Ecology]. 2016;23(2):49-56. doi: 10.33396/1728-0869-2016-2-49-56 EDN: VQGTNJ
  31. Cui J. GENHWCCI: Stata module to calculate Hardy-Weinberg equilibrium test in case-control studies [Internet]. Statistical Software Components S437101. Boston College Department of Economics. 2004. Available from: https://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.txt
  32. Shim S, Kim J, Jung W, et al. Meta-analysis for genomewide association studies using case-control design: application and practice. Epidemiol. Health. 2016;38:e2016058. doi: 10.4178/epih.e2016058
  33. Clark K, Karsch-Mizrachi I, Lipman DJ, et al. GenBank. Nucleic Acids Res. 2016;44(D1):D67-D72. doi: 10.1093/nar/gkv1276
  34. Afonicheva KV, Kasparov EV, Marchenko IV, Smolnikova MV. Polymorphic variants of cytokine genes in populations of the Arctic zone of Russia: predisposition to diseases. Arktika i Sever [Arctic and North]. 2024;(56):210–231. doi: 10.37482/issn2221-2698.2024.56.210 EDN: CVMCZP

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Эко-Вектор, 2025

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.
 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».