Частота и параметры неравновесного сцепления двухлокусных гаплотипов HLA-B~MICA у русских челябинской области
- Авторы: Вавилов М.Н.1,2, Суслова Т.А.1,2, Бурмистрова А.Л.1
-
Учреждения:
- ФГБОУ ВО «Челябинский государственный университет»
- ГБУЗ «Челябинская областная станция переливания крови»
- Выпуск: Том 25, № 2 (2022)
- Страницы: 139-146
- Раздел: КРАТКИЕ СООБЩЕНИЯ
- URL: https://journals.rcsi.science/1028-7221/article/view/120161
- DOI: https://doi.org/10.46235/1028-7221-1134-FAP
- ID: 120161
Цитировать
Полный текст
Аннотация
Ген MICA расположен в области MHC на хромосоме 6p21.33, приблизительно 46,4 т.п.н. центромерно по отношению к гену HLA-B и находятся в строгом неравновесном сцеплении со всем регионом MHC I класса. Существенный полиморфизм человеческого гена MICA и его расположение в регионе HLA делает его наиболее вероятным кандидатом на роль дополнительного локуса гистосовместимости из двух функциональных генов семейства MIC. Данные об особенностях распределения двухлокусных гаплотипов HLA-B~MICA дают возможность получать информацию об уровне вероятных расхождений в локусе MICA при потенциальном подборе пары «донор – реципиент» по классическим локусам HLA для неродственной трансплантации ГСТ. В ходе исследования было проведено иммуногенетическое типирование 100 доноров, состоящих в Регистре доноров стволовой клетки ГБУЗ «Челябинская областная станция переливания крови», русских по национальности. Типирование локуса MICA, проводили методом полимеразной цепной реакции с сиквенс-специфическими праймерами на базовом разрешении. Типирование классического локуса HLA-B проводили методом NGS с использованием системы праймеров и программного обеспечения «HLA-Эксперт». Секвенирование проводили на приборе MiSeq с использованием набора реагентов MiSeq v2 (Illumina). Показатели неравновесного сцепления D, D`, p и частоты двухлокусных гаплотипов HLA-B~MICA были рассчитаны с помощью специализированной программы для иммуногенетических исследований Arlequin 3.5. В результате исследования были установлены основные параметры неравновесного сцепления и частоты двухлокусных гаплотипов HLA-B~MICA у русских Челябинской области. Выявлены аллельные группы HLA-B образующие устойчивые пары с конкретными аллельными вариантами MICA (HLA-B*07, B*08, B*13, B*14,B* 27, B*37, B*38, B*47, B*48, B*49, B*50, B*52, B*55, B*56, B*57). При подборе пары «донор – реципиент» для неродственной трансплантации у лиц с этими аллельными группами можно ожидать отсутствие несовпадений по локусу MICA при условии полного совпадения по локусу HLA-B. А также аллельные группы HLA-B, образующие высоко вариабельные гаплотипы HLA-B~MICA (HLA-B*15, B*18, B*35, B*39, B*40, B*41, B*44 и B*51) с повышенным риском несоответствия по генам MICA. Полученные закономерности могут быть использованы в практической работе для оценки вероятности несовпадения пары «донор – реципиент» по неклассическому локусу MICA при подборе потенциального донора стволовых клеток гематологическим больным на основании классических локусов HLA. Кроме того, данные могут быть востребованы специалистами в популяционных исследованиях.
Полный текст
Открыть статью на сайте журналаОб авторах
Михаил Николаевич Вавилов
ФГБОУ ВО «Челябинский государственный университет»; ГБУЗ «Челябинская областная станция переливания крови»
Автор, ответственный за переписку.
Email: vavlakhim@mail.ru
SPIN-код: 8639-2391
аспирант кафедры микробиологии, иммунологии и общей биологии биологического факультета, биолог лаборатории иммунологических исследований
Россия, 454085, Челябинск, ул. Марченко, 7а, кв. 48; ЧелябинскТатьяна Александровна Суслова
ФГБОУ ВО «Челябинский государственный университет»; ГБУЗ «Челябинская областная станция переливания крови»
Email: tatiana.suslova.hla@gmail.com
к.м.н., доцент, доцент кафедры микробиологии, иммунологии и общей биологии биологического факультета, заведующая лабораторией иммунологических исследований
Россия, Челябинск; ЧелябинскАлександра Леонидовна Бурмистрова
ФГБОУ ВО «Челябинский государственный университет»
Email: burmal@csu.ru
д.м.н., профессор, заведующая кафедрой микробиологии, иммунологии и общей биологии биологического факультета
Россия, ЧелябинскСписок литературы
- Anderson E., Grzywacz B., Wang H., Wang T., Haagenson M., Spellman S., Blazar B.R., Miller J.S., Verneris M.R. Limited role of MHC class I chain-related gene a (MICA) typing in assessing graft-versus-host disease risk after fully human leukocyte antigen-matched unrelated donor transplantation. Blood, 2009, Vol. 114, no. 21, pp. 4753-4754.
- Arlequin: An Integrated Software for Population Genetics Data Analysis [cmpg.unibe.ch]. Arlequin ver 3.5.2.2 [released on 02.08.2015; date of access May 2022]. Available at: http://cmpg.unibe.ch/software/arlequin35/.
- Carapito R., Jung N., Kwemou M., Untrau M., Michel S., Pichot A., Giacometti G., Macquin C., Ilias W., Morlon A., Kotova I., Apostolova P., Schmitt-Graeff A., Cesbron A., Gagne K., Oudshoorn M., Holt B., Labalette M., Spierings E., Picard C., Loiseau P., Tamouza R., Toubert A., Parissiadis A., Dubois V., Lafarge X., Maumy-Bertrand M., Bertrand F., Vago L., Ciceri F., Paillard C., Querol S., Sierra J., Fleischhauer K., Nagler A., Labopin M., Inoko H., Borne P., Kuball J., Ota M., Katsuyama Y., Michallet M., Lioure B., Latour R.P., Blaise D., Cornelissen J.J., Yakoub-Agha I., Claas F., Moreau P., Milpied N., Charron D., Mohty M., Zeiser R., Socié G., Bahram S. Matching for the nonconventional MHC-I MICA gene significantly reduces the incidence of acute and chronic GVHD. Blood, 2016, Vol. 128, no. 15, pp. 1979-1986.
- Chen D., Gyllensten U. MICA polymorphism: biology and importance in cancer. Carcinogenesis, 2014, Vol. 35, no. 12, pp. 2633-2642.
- Collins R.W.M. Human MHC class I chain related (MIC) genes: Their biological function and relevance to disease and transplantation. Eur. J. Immunogenet., 2004, Vol. 31, no. 3, pp. 105-114.
- Excoffier L., Lischer H.E.L. Arlequin suite ver 3.5: A new series of programs to perform population genetics analyses under Linux and Windows. Mol. Ecol. Resour., 2010, Vol. 10, no. 3, pp. 564-567.
- Hammer Ø., Harper D.A.T., Ryan P.D. PAST: Paleontological statistics software package for education and data analysis. Palaeontol. Electron., 2001, Vol. 4, no. 1, pp. 1-9.
- HLA Alleles Numbers [HLA.Alleles.org]. Nomenclature HLA; 2022 [Date of access May 2022]. Available at: http://hla.alleles.org/nomenclature/stats.html.
- MIC » MIC-HLA Association Frequency Search [allelefrequencies.net]. Allele Frequency Net Database; [Date of access May 2022]. Available at: http://www.allelefrequencies.net/mic6001a.asp.
- Parmar S., del Lima M., Zou Y., Patah P.A., Liu P., Cano P., Rondon G., Pesoa S., Padua Silva L., Qazilbash M.H., Hosing C., Popat U., Kebriaei P., Shpall E.J., Giralt S., Champlin R.E., Stastny P., Fernandez-Vina M. Donor-recipient mismatches in MHC class I chain-related gene a in unrelated donor transplantation lead to increased incidence of acute graft-versus-host disease. Blood, 2009, Vol. 114, no. 14, pp. 2884-2887.
- Rees M.T., Downing J., Darke C. A typing system for the Major Histocompatibility Complex class I chain related genes A and B using polymerase chain reaction with sequence-specific primers. Genet. Test., 2005, Vol. 9, no. 2, pp. 93-110.
- Stastny P. Introduction: MICA/MICB in Innate Immunity, Adaptive Immunity, Autoimmunity, Cancer, and in the immune response to transplants. Hum. Immunol., 2006, Vol. 67, no. 3, pp. 141-144.
- Warren E.H., Zhang X.C., Li S., Fan W., Storer B.E., Chien J.W., Boeckh M.J., Zhao L.P., Martin P.J., Hansen J.A. Effect of MHC and non-MHC donor/recipient genetic disparity on the outcome of allogeneic HCT. Blood, 2012, Vol. 120, no. 14, pp. 2796-2806.
Дополнительные файлы
