Компактное представление информации о локальной структуре вещества в методах машинного обучения для задач обработки данных XANES-спектроскопии

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

В работе предложен метод представления данных о локальной атомной структуре в виде гистограмм парных радиальных функций распределения с разрешением по типам атомов. Метод используют для построения дескриптора структуры, необходимого для определения структуры вещества методами машинного обучения и искусственного интеллекта. Особенностью метода является использование одновременно двух наборов парных радиальных функций распределения: для пар всех типов атомов и для пар с выделенным поглощающим атомом. Разработанный подход апробирован на примере задачи определения ближнего окружения атомов серебра в центрах окраски в натриево-силикатных стеклах по данным спектров рентгеновской абсорбционной спектроскопии вблизи K-края поглощения Ag. Информативность предложенного дескриптора структуры продемонстрирована путем возможности воссоздания трехмерной модели структуры центра окраски серебра из соответствующих гистограмм парных расстояний. При использовании нескольких методов машинного обучения было показано, что предложенный дескриптор позволяет добиться качественного воспроизведения спектров XANES для центров окраски в стекле в рамках метода конечных разностей, что позволяет сократить время расчета спектров XANES на четыре порядка. Построенная модель машинного обучения позволяет установить фундаментальную связь между атомным строением центров окраски в стеклах и XANES-спектром серебра, необходимую для определения строения стекол.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

И. А. Викленко

Южный федеральный университет

Автор, ответственный за переписку.
Email: viklenko@sfedu.ru
Россия, 344090, Ростов-на-Дону

В. В. Срабионян

Южный федеральный университет

Email: viklenko@sfedu.ru
Россия, 344090, Ростов-на-Дону

В. А. Дурыманов

Южный федеральный университет

Email: viklenko@sfedu.ru
Россия, 344090, Ростов-на-Дону

Я. Н. Гладченко-Джевелекис

Южный федеральный университет

Email: viklenko@sfedu.ru
Россия, 344090, Ростов-на-Дону

В. Н. Раздоров

Южный федеральный университет

Email: viklenko@sfedu.ru
Россия, 344090, Ростов-на-Дону

Л. А. Авакян

Южный федеральный университет

Email: viklenko@sfedu.ru
Россия, 344090, Ростов-на-Дону

Л. А. Бугаев

Южный федеральный университет

Email: viklenko@sfedu.ru
Россия, 344090, Ростов-на-Дону

Список литературы

  1. Seko A., Toyoura K., Muto S., Mizoguchi T., Brode- rick S. // MRS Bull. 2018. V. 43. № 9. P. 6905.
  2. Хаметова Э.Ф., Бакиева О.Р. // Ученые записки Физического факультета МГУ. 2022. Т. 4. С. 2240703.
  3. Гуда С.А., Алгасов А.С. Технологии машинного обучения для анализа геометрии молекул // Вестник Ростовского Государственного университета путей сообщения. 2019. Т. 2. Вып. 74. С. 84.
  4. Орешко Е.И., Ерасов В.С., Сибаев И.Г., Луценко А.Н., Шершак П.В. // Авиационные материалы и технологии. 2022. Т. 4. Вып. 69. P. 132.
  5. Bratchenko I.A., Artemyev D.N., Khristoforova Y.A., Bratchenko L.A. // Biomed. Opt. Express. 2019. V. 10. № 9. P. 4489.
  6. Timoshenko J., Lu D., Lin Y., Frenkel A.I. // J. Phys. Chem. Lett. 2017. V. 8. № 20. P. 5091.
  7. Curtarolo S., Setyawan W., Wang S., Xue J., Yang K., Taylor R.H., Nelson L.J., Hart G.L.W., Sanvito S., Buongiorno-Nardelli M., Mingo N., Levy O. // Comput. Mater. Sci. 2012. V. 58. P. 227.
  8. Jain A., Ong S.P., Hautier G., Chen W., Richards W.D., Dacek S., Cholia S., Gunter D., Skinner D., Ceder G., Persson K.A. // APL Mater. 2013. V. 1. № 1. P. 011002.
  9. Borysov S.S., Geilhufe R.M., Balatsky A.V. // PLoS One. 2017. V. 12. № 2. P. 0171501. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0171501
  10. Saal J.E., Kirklin S., Aykol M., Meredig B., Wolver- ton C. // JOM. 2013. V. 65. № 11. P. 1501.
  11. Ruddigkeit L., van Deursen R., Blum L.C., Reymond J.-L. // J. Chem. Inf. Model. 2012. V. 52. № 11. P. 2864.
  12. Ramakrishnan R., Dral P.O., Rupp M., von Lilienfeld O.A. // Sci. Data. 2014. V. 1. № 1. P. 140022.
  13. Shields M.D., Zhang J. // Reliability Engineering System Safety. 2016. V. 148. P. 96. https://doi.org/10.1016/j.ress.2015.12.002
  14. Guda A.A., Guda S.A., Martini A., Bugaev A.L., Soldatov M.A., Soldatov A.V., Lamberti C. // Radiat. Phys. Chem. 2020. V. 175. P. 108430.
  15. Himanen L., Jäger M.O.J., Morooka E. V., Federici Canova F., Ranawat Y.S., Gao D.Z., Rinke P., Foster A.S. // Comput. Phys. Commun. 2020. V. 247. P. 106949.
  16. Vedrinskii R.V., Kraizman V.L. // Uspekhi Fiz. Nauk. 1988. V. 154. № 1. P. 172.
  17. Koningsberger D.C., Prins R. X-ray absorption: principles, applications, techniques of EXAFS, SEXAFS and XANES. N.Y.: John Wiley and Sons Inc., 1987.
  18. van Bokhoven J.A., Lamberti C. X-Ray Absorption and X-Ray Emission Spectroscopy // X-Ray Absorption and X-Ray Emission Spectroscopy: Theory and Applications / Ed. Van Bokhoven J.A., Lamberti C. Chichester, UK: John Wiley & Sons, Ltd, 2016. P. 1.
  19. Pedregosa F., Varoquaux G., Gramfort A., Michel V., Thirion B., Grisel O., Blondel M., Prettenhofer P., Weiss R., Dubourg V., Vanderplas J., Passos A., Cournapeau D., Brucher M., Perrot M., Duchesnay E. // J. Mach. Learn. Res. 2011. V. 12. P. 2825.
  20. Prokhorenkova L., Gusev G., Vorobev A., Dorogush A.V., Gulin A. CatBoost: unbiased boosting with categorical features. 2017. arXiv:1706.09516 https://doi.org/10.48550/arXiv.1706.09516
  21. Joly Y. // Phys. Rev. B. 2001. V. 63. № 12. P. 125120.
  22. Srabionyan V.V., Avakyan L.A., Durymanov V.A., Rubanik D.S., Viklenko I.A., Skunova A.V., Bugaev L.A. // J. Phys. Chem. Solids. 2023. V. 179. P. 111412.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
2. Рис. 1. Иллюстрация пар атомов типов A и B, учитываемых при построении ПРФРА, при отсутствии (а) и наличии (б, в) выделенного поглощающего рентгеновский фотон атома A*.

Скачать (95KB)
3. Рис. 2. Представление информации о локальном атомном окружении центра окраски с применением гистограмм радиального распределения относительно поглощающего атома (верхний ряд) и гистограмм всевозможных парных расстояний. На вставке приведена соответствующая структура центра окраски.

Скачать (233KB)
4. Рис. 3. Схематичное представление процедуры оптимизации структуры подсистемы A–A. Точечным пунктиром показано правильное расположение атомов типа A, сплошным черным цветом – исходные параметры системы.

Скачать (82KB)
5. Рис. 4. Схематичное представление процедуры оптимизации относительного положения подсистем A и B. Точечным пунктиром показано положение подсистемы A, пунктиром положение подсистемы B, штрих-пунктиром – ожидаемое положения подсистемы B относительно подсистемы A.

Скачать (82KB)
6. Рис. 5. Сопоставление гистограмм парных расстояний (верхний ряд) и гистограмм радиального распределения относительно поглощающего атома в центре окраски: исходных (пунктиром) и восстановленных (сплошными линиями); на вставке изображена трехмерная восстановленная структура центра окраски.

Скачать (230KB)
7. Рис. 6. Величина среднеквадратичной ошибки предсказания спектров XANES используемых моделей машинного обучения на тренировочном (темно-серым) и проверочном (светло-серым) подмножествах данных.

Скачать (65KB)
8. Рис. 7. Сопоставление спектров поглощения рентгеновского излучения вблизи K-края Ag, полученных с применением модели градиентного бустинга (сплошная линия), и спектров, рассчитанных в программе FDMNES (пунктирная линия), для тренировочного (сверху) и проверочного (снизу) подмножества данных.

Скачать (225KB)
9. Рис. 8. Сопоставление спектров поглощения рентгеновского излучения вблизи K-края Ag, полученных с применением модели градиентного бустинга (сплошная линия), и спектра, рассчитанного в программе FMNESS (пунктирная линия), центра окраски в натриево-силикатной стеклянной матрице со структурой, полученной в работе [22] (показана на вставке).

Скачать (111KB)

© Российская академия наук, 2024

Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах