Phylogenetic Analysis of Yersinia pestis Strains of the Caucasian Subspecies from the Foci of the Caucasus and Transcaucasia according to the Whole Genome Sequencing Data


Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

We have investigated the population structure of Yersinia pestis spp. caucasica strains from natural plague foci located in the Caucasus and Transcaucasia. According to the data of a whole genome SNP analysis of 28 strains of the Caucasian subspecies, seven of which are sequenced by us, and taking into account 1625 identified core SNPs, the presence of several phylogenetic lines and populations of Yersinia pestis ssp. caucasica corresponding to the geographical distribution of the strains has been determined. Strains of Y. pestis Caucasian subspecies include three separate clusters, the first of which is represented by strains from the East Caucasian high-mountain plague focus. Their genome has revealed 80 unique SNPs, which indicates their greatest antiquity and the long-standing divergence of this branch from the common stem of the evolution of Caucasian strains. The genomes of strains of two other clusters also differ in a large number of individual SNPs, 32 and 36, respectively. One of them includes strains from the Pre-Sevan mountain, Zangezur-Karabakh mountain, and Pre-Araks low-mountain foci with the grouping within the cluster of three separate subclusters: Pre-Sevan (IIa), Zangezur-Karabakh (IIb), and Zangezur-Karabakh-Pre-Araks (IIc). Another one, the third cluster of the Caucasian subspecies, consists of strains from the northwestern part of the Caucasus highlands (Gyumri and Javakheti-Akhalkalaki foci). Using PCR with hybridization-fluorescent registration of results and whole genome sequencing, two clinical strains of Y. pestis were shown to belong to the Caucasian subtype, which confirms the ability of this subspecies to cause plague in humans.

Об авторах

K. Nikiforov

Russian Research Anti-Plague Institute Microbe

Автор, ответственный за переписку.
Email: rusrapi@microbe.ru
Россия, Saratov, 410005

Zh. Al’khova

Russian Research Anti-Plague Institute Microbe

Email: rusrapi@microbe.ru
Россия, Saratov, 410005

L. Kukleva

Russian Research Anti-Plague Institute Microbe

Email: rusrapi@microbe.ru
Россия, Saratov, 410005

E. Naryshkina

Russian Research Anti-Plague Institute Microbe

Email: rusrapi@microbe.ru
Россия, Saratov, 410005

E. Oglodin

Russian Research Anti-Plague Institute Microbe

Email: rusrapi@microbe.ru
Россия, Saratov, 410005

G. Eroshenko

Russian Research Anti-Plague Institute Microbe

Email: rusrapi@microbe.ru
Россия, Saratov, 410005

V. Kutyrev

Russian Research Anti-Plague Institute Microbe

Email: rusrapi@microbe.ru
Россия, Saratov, 410005

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Pleiades Publishing, Inc., 2019

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».