Об особенностях сравнительного анализа белков методами производной УФ-спектрофотометрии

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

На примере растворов бычьего сывороточного альбумина и кислородпереносящих белков гемоцианина Achatina fulica и гемоглобина быка исследованы особенности применения производной УФ-спектрофотометрии в качестве неразрушающего экспресс-метода при выполнении сравнительного анализа препаратов нативных белков. Установлено, что четвертые производные спектров поглощения белков, позволяющие выделить отдельные полосы ароматических аминокислот, оптимальны для решения практических задач. Экспериментально подобран алгоритм расчета четвертых производных. Для подтверждения работоспособности метода выполнена реконструкция четвертых производных спектров нативных белков путем комбинации четвертых производных индивидуальных спектров ароматических аминокислот в зоне 240–300 нм. Для наглядной демонстрации индивидуальных различий белков предложено использовать коэффициент корреляции четвертых производных спектров в диапазоне 240–300 нм или в области поглощения тирозина и триптофана. Несмотря на то, что в результате нельзя дать точную количественную характеристику содержания отдельных ароматических аминокислот в составе белка, можно сравнивать белки друг с другом. Предложенный подход позволяет представить индивидуальный спектральный “портрет” белка, отличающий его от других белков, который затем можно использовать как стандарт при экспериментальной работе с ним.

Об авторах

А. Ю. Лянгузов

Санкт-Петербургский государственный университет

Автор, ответственный за переписку.
Email: andrey.lyanguzov@spbu.ru
Россия, 199034, Санкт-Петербург

Н. М. Малыгина

Санкт-Петербургский государственный университет; Военно-медицинская академия имени С.М. Кирова

Email: andrey.lyanguzov@spbu.ru
Россия, 199034, Санкт-Петербург; Россия, 194044, Санкт-Петербург

А. М. Иванов

Военно-медицинская академия имени С.М. Кирова

Email: andrey.lyanguzov@spbu.ru
Россия, 194044, Санкт-Петербург

Т. А. Петрова

Санкт-Петербургский государственный университет

Email: andrey.lyanguzov@spbu.ru
Россия, 199034, Санкт-Петербург

Список литературы

  1. Petrova T.A., Lyanguzov A.Yu., Malygina N.M. // J. Evol. Biochem. Physiol. 2016. V. 52. P. 37–45.
  2. R Project. Reference date: 21.06.2022. http://cran.r-project.org
  3. Mathews J.H. // Int. J. Math. Educ. Sci. Technol. 2003. V. 34. P. 280–287.
  4. Decker H., Hellmann N., Jaenicke E., Lieb B., Meissner U., Markl J. // Integr. Comp. Biol. 2007. V. 47. P. 631–644.
  5. Nelson D.L., Cox M.M. Lehninger Principles of Biochemistry. 7th Edition, N.Y., W.H. Freeman and Company, 2017. 3270 p.
  6. Peters T. Jr. All about Albumin. Biochemystry, Genetics and Medical Applications. Academic Press. 1995. 432 p.
  7. EL-Sharif H.F., Aizawa H., Reddy S.M. // Sens. Actuators, B. 2015. V. 206. P. 239–245.
  8. van Holde K.E., Miller K.I., Decker H. // J. Biol. Chem. 2001. V. 276. P. 15563–15566.
  9. Markl J. // Biochim. Biophys. Acta. 2013. V. 1834. P. 1840–1852.
  10. Blanc L., Papoin J., Debnath G., Vidal M., Amson R., Telerman A., An X., Mohandas N. // Am. J. Hematol. 2015. V. 90. P. 235–241.
  11. Fox D.L. Biochromy of the Mollusca. in The Mollusca. V. 2. Environmental Biochemistry and Physiology / Ed. Hochachka P.W. N.Y., Academic Press, 1983. 362 p.
  12. Boysen R.I., Hearn M.T.W. //Amino Acids, Peptides and Proteins in Organic Chemistry. V. 5. Analysis and Function of Amino Acids and Peptides. / Ed. by B. Hughes A.B., Weinheim, Wiley-VCH, 2012. 508 p.
  13. Talsky G. Derivative spectrophotometry / Ed. T. Mager. Weinheim, Wiley, John & Sons, 1994. 228 p.
  14. Lavrinenko I.A., Vashanov G.A., Ruban M.K. // J. Appl. Spectrosc. 2014. V. 80. P. 899–904.
  15. Ojeda C.B., Rojas F.S. Recent applications in derivative ultraviolet/visible absorption spectrophotometry: 2009–2011: a review // Microchem. J. 2013. V. 106. P. 1–16.
  16. The UniProt Consortium. UniProt: the Universal Protein Knowledgebase in 2021 // Nucleic Acids Res. 2021. V. 49. P. D480–D489.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
2.

Скачать (157KB)
3.

Скачать (145KB)
4.

Скачать (439KB)
5.

Скачать (234KB)

© А.Ю. Лянгузов, Н.М. Малыгина, А.М. Иванов, Т.А. Петрова, 2023

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».