Статистика парных расстояний для раузовского полимера в присутствии быстрой экструзии петель

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Рассматривается модель раузовского полимера, дополненная механизмом экструзии петель. В основе модели лежит кинетическое уравнение, справедливое при условии, что скорость экструзии достаточно велика, а результирующий ансамбль петель достаточно разреженный. В рамках однопетлевого приближения диаграммных вычислений разработан полуаналитический метод определения среднего квадрата физического расстояния между парой участков цепи как функции контурного расстояния между ними. Построен график среднего квадрата физического расстояния и его логарифмической производной для различных значений степени неравновесности петель. Произведено сравнение результатов со случаем вмороженного беспорядка разреженных петель.

Об авторах

И. С Никитин

Институт теоретической физики имени Л. Д. Ландау РАН; Национальный исследовательский университет "Высшая школа экономики"

Факультет физики Черноголовка, Россия; Москва, Россия

Н. Г Маснев

Институт теоретической физики имени Л. Д. Ландау РАН

Черноголовка, Россия

С. А Белан

Институт теоретической физики имени Л. Д. Ландау РАН; Национальный исследовательский университет "Высшая школа экономики"

Email: sergb27@yandex.ru
Факультет физики Черноголовка, Россия; Москва, Россия

Список литературы

  1. S. A. Belan and D. E. Starkov, JETP Lett. 115(12), 763 (2022).
  2. K. E. Polovnikov, H. B. Brand˜o, S. Belan, B. Slavov, M. Imakaev, and L. A. Mirny, Phys. Rev. X 13, 041029 (2023).
  3. D. Starkov and S. Belan, J. Chem. Phys. 161, 074903 (2024).
  4. S. Belan and V. Parfenyev, J. Chem. Phys. 160(12), 124901 (2024).
  5. A. L. Sanborn, S. S. P. Rao, S.-Ch. Huang et al. (Collaboration), Proceedings of the National Academy of Sciences 112, E6456 (2015).
  6. G. Fudenberg, M. Imakaev, C. Lu, A. Goloborodko, N. Abdennur, and L. A. Mirny (2016), Cell Rep. 15(9), 2038 (2016).
  7. G. Fudenberg, N. Abdennur, M. Imakaev, A. Golobo- rodko, and L. Mirny, Emerging evidence of chromosome folding by loop extrusion. Cold Spring Harbor symposia on quantitative biology (2017), v. 82, p. 45; https://symposium.cshlp.org/content/82/45.abstract
  8. L. A. Mirny, M. Imakaev, and N. Abdennur, Curr. Opin. Cell Biol. 58, 142 (2019).
  9. J. Dekker and L. A. Mirny, Cell 187(23), 6424 (2024).
  10. A. Riggs, Philosophical Transactions of the Royal Society of London. B, Biological Sciences 326, 285 (1990).
  11. K. Kimura, V. V. Rybenkov, N. J. Crisona, T. Hirano, and N. R. Cozzarelli, Cell 98, 239 (1999).
  12. K. Nasmyth, Annual review of genetics 35, 673 (2001).
  13. M. Ganji, I. A. Shaltiel, S. Bisht, E. Kim, A. Kalichava, C. H. Haering, and C. Dekker, Science 360, 102 (2018).
  14. I. F. Davidson, B. Bauer, D. Goetz, W. Tang, G. Wutz, and J. M. Peters, Science 366(6471), 1338 (2019).
  15. Y. Kim, Z. Shi, H. Zhang, I. J. Finkelstein, and H. Yu, Science 366(6471), 1345 (2019).
  16. S. Golfier, T. Quail, H. Kimura, and J. Brugu´es, Elife 9, e53885 (2020).
  17. J. K.Ryu, A. J. Katan, E. O. van der Sluis, T. Wisse, R. de Groot, C. H. Haering, and C.Dekker, Nat. Struct. Mol. Biol. 27(12), 1134 (2020).
  18. A. Y. Grosberg and A. Khokhlov, Statistical Physics of Macromolecules, Woodbury, AIP Press, NY (1994).
  19. A. Y. Grosberg, S. K. Nechaev, and E. I. Shakhnovich, Journal de Physique 49(12), 2095 (1988).
  20. A. Goloborodko, J. F. Marko, and L. A. Mirny, Biophys. J. 110(10), 2162 (2016).
  21. G. Spracklin, N. Abdennur, M. Imakaev, N. Chowdhury, S. Pradhan, L. A. Mirny, and J. Dekker, Nat. Struct. Mol. Biol. 30(1), 38 (2023).
  22. E. J. Banigan and L. A. Mirny, Elife 9, e63528 (2020).
  23. A. Grosberg, Y. Rabin, S. Havlin, and A. Neer, EPL (Europhysics Letters) 23(5), 373 (1993).
  24. B. Slavov and K. Polovnikov, JETP Lett. 118(3), 208 (2023).
  25. B. Chan and M. Rubinstein, Proceedings of the National Academy of Sciences 121(21), e2401494121 (2024).
  26. T. Yamamoto, T. Sakaue, and H. Schiessel, Europhysics Letters 127(3), 38002 (2019).
  27. D. Starkov, V. Parfenyev, and S. Belan, J. Chem. Phys. 154(16), 164106 (2021).

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Supplementary Material to the article “Mean pairwise distances in Rouse polymer subject to fast loop extrusion”
Скачать (211KB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2025

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».