РАСЧЕТ СТАБИЛЬНОСТИ ВАКЦИН-КАНДИДАТОВ ДЛЯ ПРОФИЛАКТИКИ ЛИХОРАДКИ ДЕНГЕ И ИХ КОМПЛЕКСОВ С ТОЛЛ-ПОДОБНЫМИ РЕЦЕПТОРАМИ С ПОМОЩЬЮ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДИНАМИКИ

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Рациональный дизайн вакцин требует не только предсказания иммуногенных эпитопов, но и тщательной оценки структурной стабильности кандидатов и их способности эффективно взаимодействовать с рецепторами врожденного иммунитета. С помощью моделирования молекулярной динамики с использованием программного пакета Gromacs-2023 проведена оценка стабильности четырех вакцин-кандидатов и их комплексов с толл-подобными рецепторами. Структуры комплексов рассматриваемых химерных белков-кандидатов для вакцины против вируса Денге с внеклеточными доменами (эктодоменами) толл-подобных рецепторов человека TLR4 и TLR8 получены в результате молекулярного докинга, осуществляемого сервером ZDOCK. Оценка аффинности комплексов проводилась с помощью сервера PRODIGY.

Об авторах

А. А Чернявский

Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт"

Email: cherniavskii.aa@phystech.edu
Москва, Россия

В. И Тимофеев

Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт"

Москва, Россия

А. А Тюленев

Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт"

Москва, Россия

А. С Ивановский

Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт"

Москва, Россия

Ю. В Кордонская

Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт"

Москва, Россия

М. А Марченкова

Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт"; Южный федеральный университет

Москва, Россия; Ростов-на-Дону, Россия

Ю. В Писаревский

Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт"

Москва, Россия

Ю. А Дьякова

Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт"

Москва, Россия

Список литературы

  1. Pourzangiabadi M., Najafi H., Fallah A. et al. // Infect. Genet. Evol. 2025. V. 127. P. 105710. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2024.105710
  2. Parvizpour S., Pourseif M.M., Razmara J. et al. // Drug Discovery Today. 2020. V. 25. № 6. P. 1034. https://doi.org/10.1016/j.drudis.2020.03.006
  3. Tulenev A.A., Timofeev V.I., Chernyavsky A.A. et al. // Crystallography Reports. 2025. V. 70. № 3. P. 470. https://doi.org/10.1134/S1063774524602600
  4. Rakitina T.V., Smirnova E.V., Podshivalov D.D. et al. // Crystals. 2023. V. 13. № 10. P. 1416. https://doi.org/10.3390/cryst13101416
  5. Kato K., Nakayoshi T., Fukuyoshi S. et al. // Molecules. 2017. V. 22. № 10. P. 1716. https://doi.org/10.3390/molecules22101716
  6. Abass O.A., Timofeev V.I., Sarkar B. et al. // J. Biomol. Struct. Dyn. 2021. V. 40. № 16. P. 7283. https://doi.org/10.1080/07391102.2021.1896387
  7. Moin A.T., Singh G., Ahmed N. et al. // J. Biomol. Struct. Dyn. 2022. V. 41. № 3. P. 833. https://doi.org/10.1080/07391102.2021.2014969
  8. El-Zayat S.R., Sibaii H., Mannaa F.A. // Bull. Natl. Res. Cent. 2019. V. 43. № 1. P. 187. https://doi.org/10.1186/s42269-019-0227-2
  9. Akira S., Takeda K., Kaisho T. // Nat. Immunol. 2001. V. 2. № 8. P. 675. https://doi.org/10.1038/90609
  10. Thada S., Horvath G.L., Müller M.M. et al. // Int. J. Mol. Sci. 2021. V. 22. № 4. P. 1560. https://doi.org/10.3390/ijms22041560
  11. Agu P.C., Afiukwa C.A., Orji O.U. et al. // Sci. Rep. 2023. V. 13. № 1. P. 13398. https://doi.org/10.1038/s41598-023-40160-2
  12. Vakser I.A. // Biophys. J. 2014. V. 107. № 8. P. 1785. https://doi.org/10.1016/j.bpj.2014.08.033
  13. Paggi J.M., Pandit A., Dror R.O. // Annu. Rev. Biochem. 2024. V. 93. № 1. P. 389. https://doi.org/10.1146/annurev-biochem-030222-120000
  14. Abramson J., Adler J., Dunger J. et al. // Nature. 2024. V. 630. P. 493. https://doi.org/10.1038/s41586-024-07487-w
  15. Choudhary P., Feng Z., Berrisford J. et al. // Database. 2024. V. 2024. P. baae041. https://doi.org/10.1093/database/baae041
  16. Lindorff-Larsen K., Piana S., Palmo K. et al. // Proteins. 2010. V. 78. № 8. P. 1950. https://doi.org/10.1002/prot.22711
  17. Jorgensen W.L., Chandrasekhar J., Madura J.D. et al. // J. Chem. Phys. 1983. V. 79. № 2. P. 926. https://doi.org/10.1063/1.445869
  18. Darden T., York D., Pedersen L. // J. Chem. Phys. 1993. V. 98. № 12. P. 10089. https://doi.org/10.1063/1.464397
  19. Ke Q., Gong X., Liao S. et al. // J. Mol. Liq. 2022. V. 365. P. 120116. https://doi.org/10.1016/j.molliq.2022.120116
  20. Bernetti M., Bussi G. // J. Chem. Phys. 2020. V. 153. № 11. P. 114107. https://doi.org/10.1063/5.0020514
  21. Bussi G., Donadio D., Parrinello M. // J. Chem Phys. 2007. V. 126. № 1. P. 014101. https://doi.org/10.1063/1.2408420
  22. Cuendet M.A., van Gunsteren W.F. // J. Chem. Phys. 2007. V. 127. № 18. P. 18410. https://doi.org/10.1063/1.2779878
  23. Pierce B.G., Wiehe K., Hwang H. et al. // Bioinformatics. 2014. V. 30. № 12. P. 1771. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu097
  24. Xue L.C., Rodrigues J.P., Kastritis P.L. et al. // Bioinformatics. 2016. V. 32. № 23. P. 3676. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btw514

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Российская академия наук, 2025

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».