The design of the crystals structure study. I. Optimization of data collection on modern diffractometers

Capa

Citar

Texto integral

Acesso aberto Acesso aberto
Acesso é fechado Acesso está concedido
Acesso é fechado Somente assinantes

Resumo

The disadvantages of the “strategy” scan-lists for diffraction experiments created by the diffractometer software are shown. The reason for these disadvantages is that the traditionally used target function has a limited, local meaning, for example, to obtain the best coverage of the reciprocal space. An approach is proposed that implements the principle of statistical randomization of the experiment and makes it possible to achieve the strategic goal of structural analysis – obtaining a model capable of reflecting the subtle details of the atomic structure. A scan-list balanced by most factors has been found, which in less time leads to obtaining experimental data of significantly higher quality than traditional lists. The use of a reference crystal, previously measured dozens of times on diffractometers around the world, has shown the advantage of experimental data obtained by a new method. Increasing the balance and accuracy of the data resulted in a maximum improvement in the values of the refinement criteria to R1/wR2 = 0.53/0.59% and Δρ = –0.47/+0.30 e/Å3. The achievement of the strategic goal of the research of the reference crystal (confirmation of the anharmonic model of atomic displacement parameters) could be confirmed not only by the “purification” of difference Fourier syntheses of electron density, which is sometimes visual and subjective, but also by a statistically flawless decrease in the R-factors of refinement by 30–40 relative %. Data of such high quality are needed to study the dynamics of structural models under external conditions, for the detection and modeling of phase transitions, critical points, bio- and chemical activity of compounds, verification of computational methods of structures.

Sobre autores

A. Dudka

Shubnikov Institute of Crystallography of the Kurchatov Complex Crystallography and Photonics of the NRC “Kurchatov Institute”, Moscow, 119333 Russia

Email: dudka@crys.ras.ru

Bibliografia

  1. Dudka A.P., Khrykina O.N., Bolotina N.B. et al. // J. Alloys Compd. 2017. V. 692. P. 535. https://doi.org/10.1016/j.jallcom.2016.09.059
  2. Дудка А.П. // Кристаллография. 2008. Т. 53. № 4. C. 744.
  3. Otwinowski Z., Borek D., Majewski W., Minor W. // Acta Cryst. A. 2003. V. 59. P. 228. https://doi.org/10.1107/S0108767303005488
  4. Paciorek W.A., Meyer M., Chapuis G. // J. Appl. Cryst. 1999. V. 32. P. 11. https://doi.org/10.1107/S0021889898005172
  5. Paciorek W.A., Meyer M., Chapuis G. // Acta Cryst. A. 1999. V. 55. P. 543. https://doi.org/10.1107/S0108767398015037
  6. Pflugrath J.W. // Acta Cryst. D. 1999. V. 55. P. 1718. https://doi.org/10.1107/S090744499900935X
  7. Zhurov V.V., Zhurova E.A., Pinkerton A.A. // J. Appl. Cryst. 2008. V. 41. P. 340. https://doi.org/10.1107/S0021889808004482
  8. Domagala S., Nourd P., Diederichs K., Henn J. // J. Appl. Cryst. 2023. V. 56. P. 1200. https://doi.org/10.1107/S1600576723004764
  9. Dudka A. // J. Appl. Cryst. 2010. V. 43. № 6. P. 1440. https://doi.org/10.1107/S0021889810037131
  10. Дудка А.П. // Кристаллография. 2016. Т. 61. № 2. С. 209. https://doi.org/10.7868/S0023476116020077
  11. Smirnova E.S., Alekseeva O.A., Dudka A.P. et al. // Acta Cryst. B. 2019. V. 75. P. 954. https://doi.org/10.1107/S2052520619010473
  12. Zhou Z., Li C., Fan L. et al. // J. Appl. Cryst. 2024. V. 57. P. 741. https://doi.org/10.1107/S1600576724002899
  13. Ketawala G., Reiter C.M., Fromme P., Botha S. // J. Appl. Cryst. 2024. V. 57. P. 529. https://doi.org/10.1107/S1600576724000116
  14. Dudka A. // J. Appl. Cryst. 2010. V. 43. P. 27. https://doi.org/10.1107/S0021889809051577
  15. Krause L., Herbst-Irmer R., Stalke D. // J. Appl. Cryst. 2015. V. 48. P. 1907. https://doi.org/10.1107/S1600576715020440
  16. Dudka A. // J. Appl. Cryst. 2007. V. 40. P. 602. https://doi.org/10.1107/S0021889807010618
  17. Pauw B.R., Smales G.J., Anker A.S. et al. // J. Appl. Cryst. 2023. V. 56. P. 1618. https://doi.org/10.1107/S1600576723008324
  18. Кендалл М., Стьюарт А. Многомерный статистический анализ и временные ряды. М.: Наука, 1976. 736 с.
  19. Клименкова А.А., Максимов Б.А., Молчанов В.Н. и др. // Кристаллография. 2007. Т. 52. № 2. С. 238.
  20. Rigaku Oxford Diffraction, 2018, CrysAlisPro Software System, Version 1.171.39.46, Rigaku Corporation, Oxford, UK.
  21. Дудка А.П. // Кристаллография. 2008. Т. 53. № 2. С. 372.
  22. Hamilton W.C. // Acta Cryst. 1965. V. 18. P. 502. https://doi.org/10.1107/S0365110X65001081

Arquivos suplementares

Arquivos suplementares
Ação
1. JATS XML

Declaração de direitos autorais © Russian Academy of Sciences, 2025

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».