Выявление с помощью рентгеноструктурного анализа роли остатка L254 в распознавании субстратов карбоксипептидазой Т из Thermoactinomyces vulgaris

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Получены кристаллические структуры комплексов мутантного белка L254N карбоксипептидазы Т со стабильными аналогами переходного состояния N-сульфамоил-L-глутаматом, N-сульфамоил-L-аргинином, N-сульфамоил-L-валином и N-сульфамоил-L-лейцином (разрешение 2.05, 1.89, 2.30, 1.79 Å). Обнаружена зависимость констант ассоциации этих ингибиторов, а также эффективности катализа соответствующих трипептидных субстратов ZAAX от расстояний между атомами лиганда О15, О16, О20, Т19 и активного центра мутантного белка N146, Y225 и E277. Эта зависимость значительно отличается от выявленной ранее зависимости для карбоксипептидазы Т дикого типа. Полученные результаты свидетельствуют об участии лейцина 254, входящего в состав подвижной петли металлокарбоксипептидаз, в дискриминации субстратов карбоксипептидазой Т по типу индуцированного соответствия.

Об авторах

В. Х. Акпаров

Отделение “Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова” Курчатовского комплекса кристаллографии и фотоники НИЦ “Курчатовский институт”

Email: valery.akparov@yandex.ru
Россия, Москва, 119333

В. И. Тимофеев

Отделение “Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова” Курчатовского комплекса кристаллографии и фотоники НИЦ “Курчатовский институт”

Email: valery.akparov@yandex.ru
Россия, Москва, 119333

Г. Е. Константинова

Отделение “Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова” Курчатовского комплекса кристаллографии и фотоники НИЦ “Курчатовский институт”

Email: valery.akparov@yandex.ru
Россия, Москва, 119333

И. П. Куранова

Отделение “Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова” Курчатовского комплекса кристаллографии и фотоники НИЦ “Курчатовский институт”

Автор, ответственный за переписку.
Email: valery.akparov@yandex.ru
Россия, Москва, 119333

Список литературы

  1. Song J.J., Hwang I., Cho K.H. et al. // J. Clin. Invest. 2011. V. 121. № 9. P. 3517. https://doi.org/10.1172/JCI46387
  2. Vendrell J., Querol E., Avilés F.X. // Biochim. Biophys. Acta. 2000. V. 1477. № 1–2. P. 248. http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0167483899002800
  3. Estell D., Graycar T., Miller J. et al. // Science. 1986. V. 233. P. 659. https://www.science.org/doi/10.1126/science.233.4764.659
  4. Wells J., Powers D., Bott R. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1987. V. 84. № 5. P. 1219.
  5. Hedstrom L., Szilágyi L., Rutter W.J. // Science. 1992. V. 255. P. 1249. https://doi.org/10.1126/science.1546324
  6. Hedstrom L., Farr-Jones S., Kettner C. et al. // Biochemistry. 1994. V. 33. № 29. P. 8764. https://doi.org/10.1021/bi00195a018
  7. Gul S., Pinitglang S., Thomas E. et al. // Biochem. Soc. Trans. 1998. V. 26. № 2. P. 171. https://doi.org/10.1042/bst026s171
  8. Akparov V.Kh., Timofeev V.I., Konstantinova G.E. et al. // PLoS One. 2019. V. 14. № 12. P. 1. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0226636
  9. Stepanov V.M. // Methods Enzymol. 1995. V. 248. P. 675. https://doi.org/10.1016/0076-6879(95)48044-7
  10. Osterman A.L., Stepanov V.M., Rudenskaia G.N. et al. // Biokhimiia. 1984. V. 9. № 2. P. 292. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/6424730
  11. Grishin A.M., Akparov V.K., Chestukhina G.G. // Biochem. Moscow. 2008. V. 73. № 10. P. 1140. https://doi.org/10.1134/s0006297908100118
  12. Akparov V.K., Grishin A.M., Yusupova M.P. et al. // Biochem. Moscow. 2007. V. 72. № 4. P. 416. https://doi.org/10.1134/s0006297907040086
  13. Ho S.N., Hunt H.D., Horton R.M. et al. // Gene. 1989. V. 77. № 1. P. 51. https://doi.org/10.1016/0378-1119(89)90358-2
  14. Cueni L.B., Bazzone T.J., Riordan J.F., Vallee B.L. // Anal. Biochem. 1980. V. 107. № 2. P. 341. https://doi.org/10.1016/0003-2697(80)90394-2
  15. Battye T., Kontogiannis L., Johnson O., Powell H. //Acta Cryst. D. 2011. V. 67. № 4. P. 271. https://doi.org/ 10.1107/S0907444910048675
  16. Rimsa V., Eadsforth T.C., Joosten R.P., Hunter W.N. // Acta Cryst. D. 2014. V. 70. № 2. P. 279. https://doi.org/10.1107/S1399004713026801
  17. Murshudov G.N., Vagin A.A., Dodson E.J. // Acta Cryst. D. 1997. V. 53. № 3. P. 240. https://doi.org/10.1107/S0907444996012255
  18. Emsley P., Cowtan K. // Acta Cryst. D. 2004. V. 60. № 12. P. 2126. https://doi.org/10.1107/S0907444904019158
  19. Pauling L. // Chem. Eng. News. 1946. V. 24. № 10. P. 1375. https://doi.org/10.1021/cen-v024n010.p1375
  20. Wolfenden R. // Mol. Cell. Biochem. 1974. V. 3. № 3. P. 207. https://doi.org/10.1007/BF01686645
  21. Akparov V., Timofeev V., Kuranova I., Khaliullin I. // Crystals. 2021. V. 11. № 9. P. 1088. https://doi.org/10.3390/cryst11091088

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

Примечание

В печатной версии статья выходила под DOI: 10.31857/S0023476125040099


© Российская академия наук, 2025

Согласие на обработку персональных данных

 

Используя сайт https://journals.rcsi.science, я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных») даю согласие на обработку персональных данных на этом сайте (текст Согласия) и на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика» (текст Согласия).